股东名册与公司登记不一致时，通常以公司登记为准，但要区分对内对外效力。对外涉及善意第三人时以公司登记为准，对内处理股东间权益纠纷等问题时，股东名册具有重要参考价值。

股东名册是公司置备的记载股东信息的文件，其作用主要在于公司内部识别股东身份、确认股东权利义务关系等。根据《中华人民共和国公司法》规定，记载于股东名册的股东，可以依股东名册主张行使股东权利。这表明股东名册是股东行使权利的重要依据，在公司内部具有较高的证明力。

公司登记是指公司将股东等相关信息向公司登记机关进行登记备案。公司登记具有公示公信的效力，它是社会公众了解公司股东情况的重要途径。第三人基于对公司登记的信赖与公司进行交易，其合法权益应得到保护。

当股东名册与公司登记不一致时，在对外关系方面，根据商事外观主义原则，为保护善意第三人的利益和交易安全，应以公司登记为准。例如，甲公司股东名册记载股东为A、B，但公司登记显示股东为A、C，C以股东身份与不知情的第三人签订了投资协议，此时第三人基于对公司登记的信赖，该投资协议有效，公司不能以股东名册记载为由对抗善意第三人。

而在公司内部关系中，股东名册的证明力更为重要。如果股东之间就股东资格、股权比例等问题发生争议，股东名册可以作为确定股东身份和权利的重要证据。比如，股东D在股东名册上有记载，但公司登记未及时变更，D在公司内部主张股东权利，如参与分红、行使表决权等，应以股东名册为准。

综上所述，股东名册与公司登记不一致时，要根据具体情况，区分对内对外效力来确定以哪个为准。

法律依据：

《中华人民共和国公司法》 第三十二条

有限责任公司应当置备股东名册，记载下列事项：

（一）股东的姓名或者名称及住所；

（二）股东的出资额；

（三）出资证明书编号。

记载于股东名册的股东，可以依股东名册主张行使股东权利。

公司应当将股东的姓名或者名称向公司登记机关登记；登记事项发生变更的，应当办理变更登记。未经登记或者变更登记的，不得对抗第三人。