申请工伤认定超过时效，职工仍可通过与用人单位协商赔偿、向人民法院提起民事诉讼等途径来维护自身权益，但需承担相应的举证责任和面临一定的法律风险。

工伤认定是劳动者获得工伤保险待遇的重要前提，一般情况下，用人单位应在事故伤害发生之日或者被诊断、鉴定为职业病之日起30日内，向统筹地区社会保险行政部门提出工伤认定申请；用人单位未按规定提出申请的，工伤职工或者其近亲属、工会组织在事故伤害发生之日或者被诊断、鉴定为职业病之日起1年内，可以直接提出工伤认定申请。若超过了这些法定时效，社会保险行政部门通常会不予受理工伤认定申请。

不过，即使申请工伤认定超过时效，职工并非就失去了获得赔偿的机会。可以尝试与用人单位进行协商。如果用人单位愿意承担赔偿责任，双方可以就赔偿的项目和金额达成一致意见，签订赔偿协议。这种方式相对高效、便捷，能够避免繁琐的法律程序。

如果协商不成，职工还可以向人民法院提起民事诉讼。根据《民法典》的相关规定，向人民法院请求保护民事权利的诉讼时效期间为三年。在这种情况下，职工需要以人身损害赔偿为由向法院起诉。但要注意的是，在民事诉讼中，职工需要承担更重的举证责任，要证明伤害是在工作过程中发生的，以及用人单位存在过错等情况。而且，相较于工伤认定后的赔偿，民事诉讼中获得的赔偿项目和标准可能会有所不同。

此外，如果存在不可抗力、人身自由受到限制、属于用人单位原因、社会保险行政部门登记制度不完善、当事人对是否存在劳动关系申请仲裁或提起民事诉讼等特殊情形，导致超过工伤认定申请期限的，被耽误的时间不计算在工伤认定申请期限内。此时，职工可以向社会保险行政部门说明情况，争取重新启动工伤认定程序。

法律依据：

《中华人民共和国民法典》 第一千一百七十九条

侵害他人造成人身损害的，应当赔偿医疗费、护理费、交通费、营养费、住院伙食补助费等为治疗和康复支出的合理费用，以及因误工减少的收入。造成残疾的，还应当赔偿辅助器具费和残疾赔偿金；造成死亡的，还应当赔偿丧葬费和死亡赔偿金。