夫妻分居起诉离婚，需向有管辖权的法院提交起诉状和相关证据，法院受理后会安排调解、审理等程序，最终根据审理情况作出判决。

要确定有管辖权的法院。一般情况下，是由被告住所地人民法院管辖；若被告住所地与经常居住地不一致，则由经常居住地人民法院管辖。这里的住所地是指公民的户籍所在地，经常居住地是指公民离开住所地至起诉时已连续居住一年以上的地方，但公民住院就医的地方除外。

准备起诉所需的材料。主要包括起诉状和相关证据。起诉状应当记明下列事项：原告和被告的姓名、性别、年龄、民族、职业、工作单位、住所、联系方式等基本信息；诉讼请求和所根据的事实与理由，这里的诉讼请求主要是请求判决离婚，事实与理由部分要详细说明夫妻分居的情况，比如分居的起始时间、原因等；证据和证据来源，证人姓名和住所。证据方面，能证明夫妻分居的证据有很多，例如分居协议、租房合同、居委会证明、双方的聊天记录等，这些证据要能充分证明夫妻双方因感情不和而分居满两年的事实，因为这是法院认定夫妻感情破裂的重要依据之一。

然后，向法院提交起诉材料。将准备好的起诉状和证据材料一并提交给有管辖权的法院，法院会对提交的材料进行审查。如果符合起诉条件，法院会在七日内立案，并通知当事人；不符合起诉条件的，会在七日内作出裁定书，不予受理。

立案后，法院会安排调解。离婚案件中，调解是必经程序。法院会根据案件情况组织双方进行调解，看是否有和好的可能或者能否就离婚相关事宜达成一致意见。如果调解成功，双方可以达成离婚调解协议，法院会制作调解书，调解书经双方当事人签收后，即具有法律效力，婚姻关系解除。

若调解不成，法院会进行审理。审理过程中，双方需要进行举证、质证，法院会根据双方提供的证据和陈述，查明案件事实。最后，法院根据审理查明的事实，依据法律规定作出判决。如果法院认定夫妻感情确已破裂，调解无效，会判决准予离婚；反之，则会判决不准离婚。

法律依据：

《中华人民共和国民事诉讼法》 第一百二十二条

起诉必须符合下列条件：

（一）原告是与本案有直接利害关系的公民、法人和其他组织；

（二）有明确的被告；

（三）有具体的诉讼请求和事实、理由；

（四）属于人民法院受理民事诉讼的范围和受诉人民法院管辖。

第一百二十三条

起诉应当向人民法院递交起诉状，并按照被告人数提出副本。书写起诉状确有困难的，可以口头起诉，由人民法院记入笔录，并告知对方当事人。