员工劳动合同丢失后，可通过主动联系用人单位协商补签或复印原件并加盖公章、收集其他劳动关系证明材料、必要时向劳动监察部门投诉或申请劳动仲裁等方式处理，以保障自身合法权益。

劳动合同是证明劳动关系存在、明确双方权利义务的重要法律文件，一旦丢失可能影响工资发放、社保缴纳、解除合同补偿等权益主张。根据《中华人民共和国劳动合同法》规定，劳动合同文本由用人单位和劳动者各执一份，员工发现合同丢失后无需过度恐慌，可按以下步骤依法处理。

第一步：优先与用人单位协商补签或复印合同。劳动合同法第十六条明确，劳动合同经双方签字盖章后生效，且双方应各执一份。员工可第一时间向用人单位人力资源部门说明合同丢失情况，请求补签新的劳动合同或复印原合同文本。若选择复印，需确保复印件上加盖用人单位公章，并由经办人签字注明“此件与原件一致，原件存于本单位”，同时标注复印日期，避免因复印件效力问题引发后续纠纷。实践中，多数用人单位会配合员工的合理诉求，因为提供合同文本是其法定义务。

第二步：同步收集劳动关系证明材料备用。若用人单位拒绝补签或复印，员工需立即着手收集其他能证明劳动关系的证据，以防后续发生纠纷时无法举证。常见的有效证据包括：工资支付凭证（如银行流水明细，需显示用人单位账户转账）、社会保险缴纳记录（社保局打印的缴费清单）、工作证、工牌、入职登记表、考勤记录（打卡记录、加班审批单）、离职证明（若已离职）、同事证言（需注明同事姓名、职位及联系方式）等。这些材料虽不能完全替代劳动合同，但可作为劳动关系存在的间接证据，支持工资、经济补偿等权益主张。

第三步：通过法律途径维护权益。若用人单位无正当理由拒不配合，员工可依据劳动合同法第八十一条维权，该条款规定“用人单位未将劳动合同文本交付劳动者的，由劳动行政部门责令改正”。员工可向当地劳动监察部门投诉，提交身份证明、工作证等材料，要求监察部门责令用人单位提供合同文本或补签合同。若因合同丢失导致权益受损（如被拖欠工资、违法解除合同等），员工还可向劳动合同履行地或用人单位所在地的劳动争议仲裁委员会申请劳动仲裁，提交上述劳动关系证明材料，主张合法权益。

注意事项：处理过程中需注意留存与用人单位沟通的记录，如邮件、微信聊天记录、书面申请等，证明曾主动要求补签合同；补签或复印合同时，需核对合同内容与原合同一致，尤其是工作岗位、工资标准、合同期限等核心条款；若已离职，建议在离职后一年内及时处理，避免超过仲裁时效（劳动争议申请仲裁的时效期间为一年，从当事人知道或应当知道其权利被侵害之日起计算）。

总之，劳动合同丢失并非无法补救，员工应保持积极沟通态度，同时注重证据留存，必要时借助法律途径，切实维护自身劳动权益。用人单位也应依法履行合同文本交付义务，避免因管理疏漏引发纠纷。

法律依据：

《中华人民共和国劳动合同法》 第十条

建立劳动关系，应当订立书面劳动合同。

已建立劳动关系，未同时订立书面劳动合同的，应当自用工之日起一个月内订立书面劳动合同。

用人单位与劳动者在用工前订立劳动合同的，劳动关系自用工之日起建立。