工程内部承包合同纠纷的处理需以合同效力认定为前提，通过协商、调解、仲裁或诉讼等途径解决，核心围绕工程款支付、工期、质量等争议焦点，结合证据收集与法律适用维护合法权益。

工程内部承包合同纠纷是建筑行业常见争议，其处理需结合合同性质、法律规定及实务操作，以下从关键环节展开说明。

合同效力的认定是处理纠纷的基础。根据《民法典》及《最高人民法院关于审理建设工程施工合同纠纷案件适用法律问题的解释（一）》，内部承包合同的效力取决于是否符合“内部性”特征：需满足承包人是施工企业职工（存在劳动合同关系）、企业对项目进行实质性管理（如质量、安全、财务监督）、承包人以企业名义施工等条件。若符合上述条件，合同通常有效；若承包人非企业职工、无劳动关系，或企业仅收取管理费而不参与管理，则可能被认定为“挂靠”或违法分包，合同无效。合同效力直接影响后续权利义务的分配，例如有效合同可按约定主张工程款，无效合同则需参照合同约定折价补偿。

协商与调解是解决纠纷的首选方式。纠纷发生后，双方应优先通过协商沟通，明确争议焦点（如工程款支付进度、工期延误责任、质量整改范围等），制定书面解决方案并签字确认。若协商无果，可申请第三方调解，如工程所在地建设行政主管部门、行业协会或调解机构介入，借助专业力量促成和解。调解达成的协议具有法律约束力，一方不履行可申请法院司法确认。

仲裁或诉讼是纠纷解决的最终途径。若协商、调解失败，需通过法律程序解决：
1. 仲裁：需双方在合同中约定仲裁条款（明确仲裁机构名称），或事后达成仲裁协议。仲裁裁决为一裁终局，可直接申请法院强制执行，适用于希望快速解决纠纷且不愿公开审理的情形。
2. 诉讼：若无仲裁协议，可向法院提起诉讼。根据《民事诉讼法》及司法解释，建设工程施工合同纠纷由工程所在地人民法院专属管辖，即由工程项目实际施工地法院管辖。诉讼中需经过立案、举证、庭审、判决等程序，一审判决后可上诉，二审为终审。

举证是纠纷处理的关键环节。无论是仲裁还是诉讼，当事人需提供充分证据支持主张，核心证据包括：
1. 内部承包合同及补充协议，证明双方权利义务约定；
2. 劳动合同、工资发放记录、社保缴纳证明，证明承包人与企业的内部关系（用于主张合同有效）；
3. 施工资料：施工日志、监理报告、签证单、工程联系单等，证明工程进度、变更及质量情况；
4. 结算文件：竣工结算报告、审计报告、付款凭证等，证明工程款支付及欠付金额；
5. 沟通记录：函件、邮件、会议纪要等，证明双方就争议事项的协商过程。

常见争议焦点的处理规则：
1. 工程款支付纠纷：有效合同按约定支付；无效合同但工程验收合格的，可参照合同约定折价补偿（《民法典》第七百九十三条）；工程未完工的，按已完工部分的工程量结算。
2. 工期延误责任：需区分责任主体，若因发包人未及时提供场地、支付工程款导致延误，承包人可主张工期顺延及损失赔偿；若因承包人施工管理不当导致延误，发包人可主张违约金或损失赔偿。
3. 质量责任：工程质量不合格的，承包人需承担修复责任，若拒绝修复，发包人可委托第三方修复并要求承包人承担费用；因质量问题造成损失的，过错方需赔偿。

综上，处理工程内部承包合同纠纷需结合合同效力、证据收集及法律程序，建议在纠纷发生初期咨询专业律师，明确法律关系及维权策略，以最大限度维护自身合法权益。

法律依据：

《仲裁法》 第二条

平等主体的公民、法人和其他组织之间发生的合同纠纷和其他财产权益纠纷，可以仲裁。

《民事诉讼法》 第一百二十五条

当事人起诉到人民法院的民事纠纷，适宜调解的，先行调解，但当事人拒绝调解的除外。

《民法典》 第七百八十八条

建设工程合同是承包人进行工程建设，发包人支付价款的合同。建设工程合同包括工程勘察、设计、施工合同。