非农业户口农村房屋申请确权，需先确认房屋来源的合法性，然后准备好相关材料，按流程向相关部门提出申请，经审核后完成确权。

要明确非农业户口对农村房屋确权的基础是合法取得。一般有继承等合法途径获得农村房屋的情况。如果是通过继承取得农村房屋，这种情况下是可以进行确权的。因为房屋属于个人合法财产，无论户口性质如何，都拥有房屋的所有权。

在准备申请材料方面，通常需要提供不动产权属证书或者有批准权的人民政府批准用地的文件等权属来源材料、房屋符合规划或者建设的相关材料、房屋平面图等。这些材料是证明房屋合法性以及确定其具体情况的重要依据。

申请流程上，第一步是向当地的不动产登记机构提出申请。可以前往当地的不动产登记中心，领取并填写不动产登记申请表。在填写表格时，要确保信息准确无误。

不动产登记机构会对提交的申请材料进行审核。审核内容包括材料的真实性、完整性以及房屋是否符合相关规定等。如果材料存在问题，登记机构会要求补充或者修改。

之后，可能会进行实地查看。工作人员会到房屋所在地进行实地勘察，核实房屋的实际情况与申请材料是否一致。

经过审核和实地查看等环节，若申请符合规定，不动产登记机构会将房屋的相关信息记载于不动产登记簿，并核发不动产权证书。此时，非农业户口的农村房屋确权工作就完成了。需要注意的是，虽然非农业户口可以对农村房屋进行确权，但宅基地的使用权一般不能单独继承，房屋只能在其存续期间内使用，不能进行翻建、重建等大规模的改造。

法律依据：

《土地管理法》 第六十二条

农村村民一户只能拥有一处宅基地，其宅基地的面积不得超过省、自治区、直辖市规定的标准。人均土地少、不能保障一户拥有一处宅基地的地区，县级人民政府在充分尊重农村村民意愿的基础上，可以采取措施，按照省、自治区、直辖市规定的标准保障农村村民实现户有所居。农村村民建住宅，应当符合乡（镇）土地利用总体规划、村庄规划，不得占用永久基本农田，并尽量使用原有的宅基地和村内空闲地。编制乡（镇）土地利用总体规划、村庄规划应当统筹并合理安排宅基地用地，改善农村村民居住环境和条件。