单位对工伤认定不服提起行政诉讼，终审需经历一审、二审程序。二审判决即为终审判决。法院会依据相关证据和法律规定对案件进行审理并作出最终裁决。

当单位对工伤认定不服提起行政诉讼时，整个终审过程有其特定的程序和规则。

首先是一审程序。单位向法院提起行政诉讼后，法院会受理并安排开庭审理。在这个阶段，各方当事人都需要提供相关的证据。单位可能会提供证明该伤害不属于工伤的证据，比如单位的规章制度、事发时的监控录像、证人证言等，以说明员工所受伤害不符合工伤认定的条件。而员工一方则会提供支持工伤认定的证据，像医院的诊断证明、事故现场的照片等。法院会对双方提供的证据进行审查和质证，根据《工伤保险条例》等相关法律法规来判断工伤认定是否合法、合理。经过审理后，法院会作出一审判决。如果单位或员工对一审判决不服，都有权在规定的时间内向上一级法院提起上诉。

接着进入二审程序。二审是终审程序。上一级法院在受理上诉后，会对一审的判决和整个案件进行全面审查。审查的重点包括一审法院认定的事实是否清楚、适用的法律是否正确、审判程序是否合法等。二审法院可能会采取开庭审理或者书面审理的方式。开庭审理时，双方当事人再次陈述自己的观点和理由，进行辩论。书面审理则主要依据一审的卷宗材料和双方提交的上诉材料进行审查。

最后，二审法院根据审理情况作出终审判决。终审判决具有终局性，一旦作出，各方当事人都必须遵守。如果判决维持一审判决，那么工伤认定的结果就得到了最终确认；如果判决撤销或变更一审判决，那么工伤认定的结果也会相应改变。整个过程严格遵循行政诉讼的程序和法律规定，以确保司法的公正和公平。

法律依据：

《工伤保险条例》 第五十五条

有下列情形之一的，有关单位或者个人可以依法申请行政复议，也可以依法向人民法院提起行政诉讼：

（一）申请工伤认定的职工或者其近亲属、该职工所在单位对工伤认定申请不予受理的决定不服的；

（二）申请工伤认定的职工或者其近亲属、该职工所在单位对工伤认定结论不服的；

（三）用人单位对经办机构确定的单位缴费费率不服的；

（四）签订服务协议的医疗机构、辅助器具配置机构认为经办机构未履行有关协议或者规定的；

（五）工伤职工或者其近亲属对经办机构核定的工伤保险待遇有异议的。