车辆司法鉴定费用一般由申请人预先承担，最终根据鉴定结果和案件具体情况确定由谁承担，可能是申请人、对方当事人或者按照责任比例由双方分担。

在司法实践中，车辆司法鉴定费用的承担遵循一定的规则。通常情况下，谁申请进行司法鉴定，就由谁先垫付鉴定费用。这是因为在启动鉴定程序时，需要及时支付相关费用以保证鉴定工作的顺利开展。

如果鉴定结果对申请人有利，在诉讼案件中，根据《诉讼费用交纳办法》的规定，该费用可能会由败诉方承担。例如，在交通事故纠纷中，一方当事人为了确定车辆的损失程度申请司法鉴定，经鉴定车辆损失是由对方的过错导致的，且法院判决对方承担全部责任，那么鉴定费用就会由对方支付。

然而，如果鉴定结果对申请人不利，鉴定费用一般由申请人自行承担。比如，申请人主张车辆存在质量问题申请鉴定，但鉴定结果表明车辆不存在质量问题，那么申请人就需要自行承担鉴定费用。

在一些情况下，双方都有一定责任时，鉴定费用会按照双方责任的比例进行分担。例如在交通事故中，双方都存在一定过错，交警部门认定双方负同等责任，那么鉴定费用也可能由双方各承担一半。

此外，在某些行业规范或者合同约定中，也可能对车辆司法鉴定费用的承担有明确规定。如果有这样的约定，应当按照约定来确定费用的承担方。总之，车辆司法鉴定费用的承担要综合考虑多种因素，最终以法院判决或者双方协商结果为准。

法律依据：

《道路交通事故处理程序规定》 第五十条

检验、鉴定费用由公安机关交通管理部门承担，但法律法规另有规定或者当事人自行委托伤残评定、财产损失评估的除外。

第九十二条

因确定损害赔偿的数额，需要进行伤残评定、财产损失评估的，由各方当事人协商确定有资质的机构进行，但财产损失数额巨大涉嫌刑事犯罪的，由公安机关交通管理部门委托。

当事人委托伤残评定、财产损失评估的费用，由当事人承担。