刑事和解后检察院不起诉一般没有案底。案底通常指犯罪记录，而检察院决定不起诉意味着行为人未被法院判定有罪，通常不会留下犯罪记录。

需要明确案底的定义。案底是指某人过去犯法或犯罪行为的记录，又称犯罪人员犯罪记录制度，在我国法律中一般指有过刑事犯罪前科的档案记录，该犯罪档案一般存放至公安部门保存。

在刑事和解的情况下，根据《中华人民共和国刑事诉讼法》的相关规定，对于一些特定的公诉案件，犯罪嫌疑人、被告人真诚悔罪，通过向被害人赔偿损失、赔礼道歉等方式获得被害人谅解，被害人自愿和解的，双方当事人可以和解。对于达成和解协议的案件，公安机关可以向人民检察院提出从宽处理的建议。人民检察院可以向人民法院提出从宽处罚的建议；对于犯罪情节轻微，不需要判处刑罚的，可以作出不起诉的决定。

当检察院作出不起诉决定时，意味着案件不会进入到法院审判阶段。而根据“未经人民法院依法判决，对任何人都不得确定有罪”的原则，行为人没有经过法院的有罪判决，就不能认定其构成犯罪。既然不构成犯罪，也就不会产生犯罪记录，即通常所说的案底。

不过，虽然没有犯罪记录，但可能会存在一些其他的记录。比如，在公安机关的办案过程中，可能会有相关的案件登记信息等，但这些信息与犯罪记录是不同性质的。并且，这种非犯罪性质的记录一般不会对行为人产生像犯罪记录那样严重的影响，例如在就业、升学等方面，通常不会因为这种记录而受到明显的限制。

综上所述，刑事和解后检察院不起诉一般不会留下案底。

法律依据：

《中华人民共和国刑事诉讼法》 第十六条

有下列情形之一的，不追究刑事责任，已经追究的，应当撤销案件，或者不起诉，或者终止审理，或者宣告无罪：

（一）情节显著轻微、危害不大，不认为是犯罪的；

（二）犯罪已过追诉时效期限的；

（三）经特赦令免除刑罚的；

（四）依照刑法告诉才处理的犯罪，没有告诉或者撤回告诉的；

（五）犯罪嫌疑人、被告人死亡的；

（六）其他法律规定免予追究刑事责任的。