小产权房合同丢失后，可根据不同情况进行补办。若与开发商签订的合同丢失，可联系开发商复印其留存的合同并加盖印章；若涉及多方签订的合同，要与其他合同签订方沟通协商复印；若合同已备案，可前往备案部门申请查阅并复印备案合同。

了解小产权房的性质很重要。小产权房通常是指在农村集体土地上建设的房屋，未缴纳土地出让金等费用，其产权证不是由国家房管部门颁发，而是由乡政府或村政府颁发，亦称“乡产权房”。由于其产权的特殊性，在合同丢失后的补办流程与正规商品房有所不同。

如果是和开发商签订的小产权房合同丢失，第一步要尽快联系开发商。一般开发商会有合同的备份。在联系时，要向开发商说明合同丢失的情况，并提供能证明身份以及购房相关信息的材料，如身份证、购房付款凭证等。开发商核实情况后，会协助复印其留存的合同，并在复印件上加盖公章，以确认与原件具有同等效力。

要是小产权房合同是多方签订的，比如除了开发商，还有其他相关方参与，那就需要与所有合同签订方取得联系。和他们说明合同丢失的事实，协商共同解决办法。通常可以通过复印其他签订方持有的合同来解决。在复印合同后，最好让所有签订方在复印件上签字确认，避免日后可能出现的纠纷。

对于已经备案的小产权房合同，虽然这种情况相对较少，但也存在。可以前往合同备案的相关部门，如当地的乡镇政府、村委会或者其他负责备案的机构。向备案部门提出查阅和复印备案合同的申请，并按照他们的要求提供必要的材料和证明。备案部门在审核通过后，会允许查阅并提供合同的复印件。

为了避免合同丢失带来的麻烦，在补办合同后，建议妥善保管好合同的复印件，也可以考虑对合同进行扫描，保存电子版本，以便随时查阅。同时，在后续涉及小产权房的相关事宜时，要注意留存好所有相关的文件和凭证，保障自身权益。

法律依据：

《中华人民共和国民法典》 第二百零九条

不动产物权的设立、变更、转让和消灭，经依法登记，发生效力；未经登记，不发生效力，但是法律另有规定的除外。

依法属于国家所有的自然资源，所有权可以不登记。

《不动产登记暂行条例》 第二十条

不动产登记机构应当自受理登记申请之日起30个工作日内办结不动产登记手续，法律另有规定的除外。