二手房购房合同备案流程一般包括买卖双方达成交易意向并签订合同，然后通过房地产管理部门指定的网签系统进行网上签约，之后将合同提交到相关部门审核，审核通过后完成备案。

买卖双方需就二手房交易的各项条款达成一致，并签订书面的购房合同。合同中应明确房屋的基本信息，如地址、面积、户型等；交易价格、付款方式及时间；房屋交付时间；违约责任等重要内容。确保合同内容完整、准确，以保障双方的合法权益。

进行网签。目前很多城市都要求二手房交易进行网签，这是备案的重要前提。买卖双方要通过当地房地产管理部门指定的网签系统录入合同相关信息。一般来说，房地产经纪机构促成的交易，由经纪机构负责网签操作；自行成交的，买卖双方可在网上填写合同的相关内容。

在完成网签后，需将网签合同提交到相关部门进行审核。通常是房地产交易管理部门，该部门会对合同的真实性、合法性以及合同内容是否符合规定进行审核。审核的内容包括房屋是否存在抵押、查封等限制交易的情况，买卖双方的身份信息是否真实有效等。

如果审核通过，该二手房购房合同就完成了备案。备案后的合同具有一定的公示作用，能有效防止一房多卖等情况的发生，保障交易的安全性。备案信息会在房地产管理部门的系统中留存，买卖双方可以通过相关渠道查询备案情况。若审核不通过，相关部门会反馈具体原因，买卖双方需要根据要求对合同进行修改或补充相关材料，然后重新提交审核，直至审核通过完成备案。

法律依据：

《国土资源部、住房城乡建设部关于做好不动产统一登记与房屋交易管理衔接的指导意见》 第二条

加强房屋交易管理与不动产统一登记。加强房屋交易管理。房屋交易管理是房地产市场监管的基础和核心。各级房产管理部门要强化房屋转让、抵押、租赁、面积管理、房屋交易档案、房屋中介、个人住房信息系统建设等工作，特别是要做好商品房预售许可、房屋买卖合同网签备案、房屋交易资金监管、楼盘表的建立、购房资格审核、房源验核、存量房与政策性住房上市交易管理，以及房屋抵押政策制定及监督执行等交易监管具体工作，实现关联业务有序衔接。