海船合格证和适任证书在性质、适用范围、培训和考试要求、有效期等方面存在区别。适任证书是证明持证人具备担任相应职务能力的证书，而合格证是船员具备特定专业技能或知识的证明文件。

从性质上来说，海船适任证书是船员能够在相应等级、职务的海船上担任岗位工作的资格证明。它代表着船员具备了履行特定船上职务所需的综合能力，包括航海知识、操作技能、应急处理等多方面的能力。而海船合格证是船员完成特定专业培训并通过考核后获得的证明文件，它侧重于船员在某一项专业技能或知识领域的掌握情况，比如基本安全培训合格证、精通救生艇筏和救助艇培训合格证等。

适用范围有所不同。适任证书明确规定了船员可以担任的具体职务和适用的船舶等级、航区等。例如，甲类适任证书适用于无限航区3000总吨及以上船舶的船长、大副、二副、三副等职务。而合格证并不直接对应具体的船上职务，它是船员从事海上工作必须具备的一些基础或专项技能的证明，适用于各类海船船员，只要从事相关工作就需要相应的合格证。

培训和考试要求也不一样。适任证书的培训和考试内容涵盖了航海学、船舶操纵、船舶管理等多个学科领域，培训时间较长，考试难度较大。船员需要完成规定的航海类专业教育或培训，并且满足一定的海上服务资历要求后，才能参加适任考试。而合格证的培训和考试相对更聚焦于特定的专业技能，培训时间较短，内容相对单一。比如基本安全培训合格证主要培训个人求生、防火与灭火、基本急救等内容。

有效期方面也存在差异。适任证书的有效期一般为5年，在有效期内，船员需要满足一定的海上服务资历要求，并完成规定的知识更新培训，才能申请证书的再有效。而合格证的有效期也有所不同，部分合格证有效期为5年，也有一些合格证的有效期可能更短，需要定期进行再培训和考核以保持有效性。

法律依据：

《中华人民共和国海上交通安全法》 第十三条

中国籍船员和海上设施上的工作人员应当接受海上交通安全以及相应岗位的专业教育、培训。

中国籍船员应当依照有关船员管理的法律、行政法规的规定向海事管理机构申请取得船员适任证书，并取得健康证明。

外国籍船员在中国籍船舶上工作的，按照有关船员管理的法律、行政法规的规定执行。

船员在船舶上工作，应当符合船员适任证书载明的船舶、航区、职务的范围。