深圳小产权房屋租赁合同办理通常需双方协商拟定合同条款，明确双方权利义务并签字确认。若要备案，需前往所在区的房屋租赁管理部门，按规定提交相关材料进行备案登记。

小产权房是指在农村集体土地上建设的房屋，未办理相关证件，未缴纳土地出让金等费用。虽然深圳存在一定数量的小产权房租赁情况，但鉴于其产权特殊性，在签订租赁合同过程中有一些注意事项。

拟定合同环节，租赁双方需就房屋租赁的核心要素进行协商。包括租赁房屋的具体位置、面积、用途等基本信息要详细明确。涵盖租赁的期限，起始和结束日期需清晰确定，一般双方可根据实际情况商定合适的租赁时长。同时，租金的金额、支付方式（如每月支付、季度支付等）以及支付时间节点也需要在合同中准确体现。另外，合同中还应规定租赁双方各自的权利和义务，例如出租方要保证房屋能够正常使用，承租方要合理使用房屋、按时支付租金等。

关于合同备案，虽然小产权房本身产权存在瑕疵，但在深圳也可以进行租赁备案。要办理备案，租赁双方需前往房屋所在区的房屋租赁管理部门。要准备的资料主要包括双方身份证明，能证明其身份的真实性和合法性；租赁合同原件，合同内容需符合法律法规要求；房屋的相关证明材料，尽管小产权房没有完整产权证件，但可能需要能证明房屋来源、使用情况等的材料。管理部门在收到这些材料后，会对其进行审核，审核通过后予以备案登记。不过要注意，备案只是对租赁关系的一种行政确认，并不改变小产权房本身的产权性质和合法性问题。

法律依据：

《民法典》 第七百零三条

租赁合同是出租人将租赁物交付承租人使用、收益，承租人支付租金的合同。

第七百零四条

租赁合同的内容一般包括租赁物的名称、数量、用途、租赁期限、租金及其支付期限和方式、租赁物维修等条款。

第七百零七条

租赁期限六个月以上的，应当采用书面形式。当事人未采用书面形式，无法确定租赁期限的，视为不定期租赁。