借款超过诉讼时效，法院仍会受理案件，但如果被告以诉讼时效抗辩，法院经审理认为情况属实，会判决驳回原告的诉讼请求；若被告未提出诉讼时效抗辩，法院不会主动适用诉讼时效规定进行裁判。

在法律实践中，诉讼时效是一个重要的概念。对于借款纠纷而言，当借款超过诉讼时效时，其处理方式有着明确的法律规定。

根据法律规定，原告向法院提起借款纠纷诉讼，法院是应当受理的。这是因为法院遵循“有诉必理”的原则，不能因为借款可能超过诉讼时效就拒绝受理案件。在受理后，法院会对案件进行全面的审理。

如果被告在诉讼过程中以借款已超过诉讼时效为由进行抗辩，并且法院经过审查，认定借款确实超过了诉讼时效，那么法院会依据相关法律规定，判决驳回原告的诉讼请求。这意味着原告虽然有起诉的权利，但由于超过了诉讼时效，其胜诉权将得不到法院的支持。例如，甲借给乙一笔钱，约定还款期限已过多年，甲才向法院起诉要求乙还款，乙在庭审中提出诉讼时效抗辩，法院查明情况后，就会驳回甲的诉讼请求。

然而，如果被告没有提出诉讼时效抗辩，法院是不会主动适用诉讼时效的规定进行裁判的。也就是说，即使借款实际上已经超过了诉讼时效，但被告没有意识到或者没有在诉讼中提出这一抗辩理由，法院仍然会依据案件的事实和证据进行正常的审理和判决。比如，在上述案例中，如果乙没有提出诉讼时效抗辩，法院会根据甲提供的借款证据等情况来判断是否支持甲的诉讼请求。

此外，还需要注意的是，诉讼时效可能会因为一些法定事由而中断、中止。例如，债权人在诉讼时效期间内向债务人主张过权利，那么诉讼时效就会中断，从中断时起，诉讼时效期间重新计算。所以，在借款纠纷中，要准确判断是否超过诉讼时效以及其法律后果，需要综合考虑各种因素。

法律依据：

《中华人民共和国民法典》 第一百九十二条

诉讼时效期间届满的，义务人可以提出不履行义务的抗辩。

诉讼时效期间届满后，义务人同意履行的，不得以诉讼时效期间届满为由抗辩；义务人已经自愿履行的，不得请求返还。

《中华人民共和国民法典》 第一百八十八条

向人民法院请求保护民事权利的诉讼时效期间为三年。法律另有规定的，依照其规定。

诉讼时效期间自权利人知道或者应当知道权利受到损害以及义务人之日起计算。法律另有规定的，依照其规定。但是，自权利受到损害之日起超过二十年的，人民法院不予保护，有特殊情况的，人民法院可以根据权利人的申请决定延长。