保密协议纠纷诉讼期限一般为三年，自权利人知道或者应当知道权利受到损害以及义务人之日起计算。但法律另有规定的，依照其规定。

在法律层面上，保密协议纠纷通常适用《中华人民共和国民法典》中关于诉讼时效的一般规定。根据《民法典》第一百八十八条，向人民法院请求保护民事权利的诉讼时效期间为三年。法律另有规定的，依照其规定。这意味着，当因保密协议产生纠纷时，当事人需要在知道或应当知道自身权利被侵害以及明确侵权义务人之日起三年内，向法院提起诉讼来维护自己的权益。

不过，诉讼时效并非绝对不可变动，存在中止、中断等情形。诉讼时效中止是指在诉讼时效期间的最后六个月内，因不可抗力、无民事行为能力人或者限制民事行为能力人没有法定代理人等法定障碍，不能行使请求权的，诉讼时效中止。自中止时效的原因消除之日起满六个月，诉讼时效期间届满。

而诉讼时效中断，是指有下列情形之一的，诉讼时效中断，从中断时起，诉讼时效期间重新计算：权利人向义务人提出履行请求；义务人同意履行义务；权利人提起诉讼或者申请仲裁；与提起诉讼或者申请仲裁具有同等效力的其他情形。例如，在保密协议纠纷中，如果权利人在诉讼时效期间内向义务人主张权利，要求其履行保密义务，那么诉讼时效就会中断，重新开始计算三年的期限。

此外，还有最长诉讼时效的规定。自权利受到损害之日起超过二十年的，人民法院不予保护，有特殊情况的，人民法院可以根据权利人的申请决定延长。所以在遇到保密协议纠纷时，当事人应及时关注诉讼时效问题，积极通过合法途径主张自己的权利，避免因诉讼时效问题导致自身权益无法得到有效保护。

法律依据：

《中华人民共和国民法典》 第一百八十八条

向人民法院请求保护民事权利的诉讼时效期间为三年。法律另有规定的，依照其规定。

诉讼时效期间自权利人知道或者应当知道权利受到损害以及义务人之日起计算。法律另有规定的，依照其规定。但是，自权利受到损害之日起超过二十年的，人民法院不予保护，有特殊情况的，人民法院可以根据权利人的申请决定延长。