刑事自诉案件证据不足，若在立案审查阶段，法院会说服自诉人撤回起诉，或者裁定不予受理；若在审理阶段，法院应当说服自诉人撤回起诉或者裁定驳回起诉；若已作出有罪判决，二审法院发现证据不足，应当撤销原判，发回原审人民法院重新审判或者改判无罪。

刑事自诉案件是被害人及其法定代理人或近亲属，为追究被告人的刑事责任，自行向人民法院起诉，由人民法院直接受理的刑事案件。在不同的诉讼阶段，对于证据不足的情况有不同的处理方式。

在立案审查阶段，人民法院会对自诉人提供的证据进行初步审查。如果发现证据不足，无法证明被告人构成犯罪，法院会首先说服自诉人撤回起诉。这是因为证据不足的情况下，案件难以进入实质审理阶段，继续推进可能浪费司法资源。若自诉人坚持起诉，法院则会裁定不予受理。这种处理方式能够及时过滤掉一些明显缺乏证据支持的案件，保证司法程序的高效性。

当案件进入审理阶段，若发现证据不足，法院同样会先尝试说服自诉人撤回起诉。若自诉人不撤回，法院会裁定驳回起诉。这是因为在审理过程中，证据是认定案件事实和被告人是否有罪的关键依据。证据不足意味着无法形成完整的证据链来证明被告人的犯罪行为，此时作出驳回起诉的裁定，符合“疑罪从无”的司法原则。

如果一审法院已经作出有罪判决，但二审法院在审理过程中发现证据不足，根据《中华人民共和国刑事诉讼法》的相关规定，二审法院应当撤销原判。对于这种情况，二审法院可以选择发回原审人民法院重新审判，让原审法院进一步查清事实、补充证据；也可以根据具体情况直接改判无罪。这样的处理方式体现了司法的严谨性和对被告人权利的保障，确保每一个判决都有充分的证据支持。

法律依据：

《中华人民共和国刑事诉讼法》 第二百一十一条

人民法院对于自诉案件进行审查后，按照下列情形分别处理：

（一）犯罪事实清楚，有足够证据的案件，应当开庭审判；

（二）缺乏罪证的自诉案件，如果自诉人提不出补充证据，应当说服自诉人撤回自诉，或者裁定驳回。

自诉人经两次依法传唤，无正当理由拒不到庭的，或者未经法庭许可中途退庭的，按撤诉处理。

法庭审理过程中，审判人员对证据有疑问，需要调查核实的，适用本法第一百九十六条的规定。