施工损坏农作物的赔偿需根据农作物的实际价值，结合损坏程度来确定。通常要考虑农作物的种类、生长阶段、市场价格等因素，一般按照重置价格进行赔偿。

在确定施工损坏农作物的赔偿时，有多种因素需要综合考量。首先是农作物的种类，不同种类的农作物价值差异较大。比如经济作物的价值往往高于普通粮食作物。像草莓、葡萄等水果类农作物，因其种植成本较高、市场售价也相对较高，在赔偿时其单位价值就会比小麦、玉米等粮食作物要高。其次是农作物所处的生长阶段，处于不同生长阶段的农作物价值不同。例如，刚播种的种子和即将成熟可收获的农作物，其价值显然不同。刚播种的种子，主要赔偿种子成本以及播种所花费的人力等成本；而即将成熟的农作物，则要按照其成熟后的预期产量和市场价格来计算赔偿金额。

在赔偿方式上，一般是按照重置价格进行赔偿，也就是恢复到农作物未被损坏前的状态所需的费用。若施工方与受损方能够达成一致意见，可以自行协商赔偿金额和方式。若双方无法协商一致，受损方可以通过专业的评估机构对农作物的损失进行评估。评估机构会根据农作物的实际情况，如品种、生长状况、市场价格等，出具专业的评估报告，以此作为赔偿的依据。

如果施工方拒绝赔偿或者赔偿不合理，受损方可以通过法律途径来维护自己的权益。受损方可以向法院提起诉讼，要求施工方承担赔偿责任。在诉讼过程中，受损方需要提供相关的证据，如农作物受损的照片、评估报告、购买种子和化肥等的票据等，以证明自己的损失。法院会根据双方提供的证据和相关法律规定，作出公正的判决。

法律依据：

《中华人民共和国民法典》 第一千一百八十四条

侵害他人财产的，财产损失按照损失发生时的市场价格或者其他合理方式计算。

《中华人民共和国民法典》 第一千一百八十七条

损害发生后，当事人可以协商赔偿费用的支付方式。协商不一致的，赔偿费用应当一次性支付；一次性支付确有困难的，可以分期支付，但是被侵权人有权请求提供相应的担保。