股东失踪办理注销手续较为复杂，一般要先通过法定程序处理股东问题，再按正常公司注销流程进行，包括清算、公告、税务注销、工商注销等。

首先是处理失踪股东问题。根据《中华人民共和国民法典》，自然人下落不明满二年的，利害关系人可以向人民法院申请宣告该自然人为失踪人；下落不明满四年，或因意外事件下落不明满二年，或因意外事件下落不明经有关机关证明该自然人不可能生存的，利害关系人可以向人民法院申请宣告该自然人死亡。公司的其他股东、法定代表人等可作为利害关系人，向失踪股东住所地基层人民法院提出宣告失踪或死亡的申请。法院会发出寻找下落不明人的公告，宣告失踪的公告期间为三个月，宣告死亡的公告期间为一年（因意外事件下落不明经有关机关证明该自然人不可能生存的，公告期间为三个月）。公告期届满，法院根据情况作出宣告失踪或死亡的判决。

然后进入公司注销流程。第一步是成立清算组。公司应当在解散事由出现之日起十五日内成立清算组，开始清算。有限责任公司的清算组由股东组成，股份有限公司的清算组由董事或者股东大会确定的人员组成。由于有股东失踪，可由其他股东按法定程序组成清算组。第二步是清算组备案。清算组应当自成立之日起十日内将清算组成员、清算组负责人名单向公司登记机关备案。第三步是通知债权人并公告。清算组应当自成立之日起十日内通知债权人，并于六十日内在报纸上公告。债权人应当自接到通知书之日起三十日内，未接到通知书的自公告之日起四十五日内，向清算组申报其债权。第四步是开展清算工作。清算组清理公司财产、编制资产负债表和财产清单，处理与清算有关的公司未了结的业务，清缴所欠税款以及清算过程中产生的税款等。第五步是税务注销。清算完毕后，到税务部门办理税务注销登记，取得税务注销证明。第六步是工商注销。携带相关材料，如公司清算报告、税务注销证明等，到工商行政管理部门办理公司注销登记，公告公司终止。

法律依据：

《中华人民共和国公司法》 第一百八十三条

公司因本法第一百八十条第（一）项、第（二）项、第（四）项、第（五）项规定而解散的，应当在解散事由出现之日起十五日内成立清算组，开始清算。有限责任公司的清算组由股东组成，股份有限公司的清算组由董事或者股东大会确定的人员组成。逾期不成立清算组进行清算的，债权人可以申请人民法院指定有关人员组成清算组进行清算。人民法院应当受理该申请，并及时组织清算组进行清算。

《中华人民共和国公司法》 第一百八十八条

公司清算结束后，清算组应当制作清算报告，报股东会、股东大会或者人民法院确认，并报送公司登记机关，申请注销公司登记，公告公司终止。