劳动合同中约定违约金的处理需根据具体情况而定。只有在法定的两种情形下，即服务期约定和竞业限制约定，违约金约定才有效，其他情形下约定违约金一般无效。

一、法定有效情形

1. 服务期约定：用人单位为劳动者提供专项培训费用，对其进行专业技术培训的，可以与该劳动者订立协议，约定服务期。劳动者违反服务期约定的，应当按照约定向用人单位支付违约金。违约金的数额不得超过用人单位提供的培训费用。用人单位要求劳动者支付的违约金不得超过服务期尚未履行部分所应分摊的培训费用。例如，用人单位为劳动者提供了 5 万元的培训费用，约定服务期为 5 年，劳动者工作 2 年后违约，那么用人单位可要求劳动者支付的违约金最高为 3 万元（5 万元÷5 年×3 年）。

2. 竞业限制约定：用人单位与劳动者可以在劳动合同中约定保守用人单位的商业秘密和与知识产权相关的保密事项。对负有保密义务的劳动者，用人单位可以在劳动合同或者保密协议中与劳动者约定竞业限制条款，并约定在解除或者终止劳动合同后，在竞业限制期限内按月给予劳动者经济补偿。劳动者违反竞业限制约定的，应当按照约定向用人单位支付违约金。竞业限制的人员限于用人单位的高级管理人员、高级技术人员和其他负有保密义务的人员。竞业限制的范围、地域、期限由用人单位与劳动者约定，竞业限制的约定不得违反法律、法规的规定。

二、约定无效情形

除了上述两种法定情形外，用人单位不得与劳动者约定由劳动者承担违约金。比如，劳动合同中约定劳动者提前离职需支付高额违约金，这种约定因违反法律规定而无效。当出现这种无效约定时，劳动者无需按照该约定支付违约金。如果用人单位以无效的违约金约定为由要求劳动者支付违约金，劳动者可以通过劳动仲裁或诉讼等途径维护自己的合法权益。

总之，劳动合同中违约金的处理要严格依据法律规定，区分有效和无效约定，以保障用人单位和劳动者的合法权益。

法律依据：

《中华人民共和国劳动合同法》 第二十二条

用人单位为劳动者提供专项培训费用，对其进行专业技术培训的，可以与该劳动者订立协议，约定服务期。

劳动者违反服务期约定的，应当按照约定向用人单位支付违约金。违约金的数额不得超过用人单位提供的培训费用。用人单位要求劳动者支付的违约金不得超过服务期尚未履行部分所应分摊的培训费用。

用人单位与劳动者约定服务期的，不影响按照正常的工资调整机制提高劳动者在服务期期间的劳动报酬。