分公司违法行为的处理需根据具体情况而定，一般先由分公司以其管理的财产承担责任，不足部分由总公司承担；同时，相关责任人可能会被追究行政、刑事等责任。

分公司是总公司在其住所以外设立的从事经营活动的机构，不具有企业法人资格。在处理分公司违法行为时，要考虑多方面因素。

从民事责任角度来看，依据《中华人民共和国民法典》相关规定，分支机构以自己的名义从事民事活动，产生的民事责任由法人承担；也可以先以该分支机构管理的财产承担，不足以承担的，由法人承担。也就是说，分公司违法导致的民事赔偿等责任，通常先以分公司所管理的财产进行赔偿，若分公司财产不足以承担全部责任，总公司要承担剩余部分。例如分公司在商业交易中因违约给对方造成损失，先以分公司的资金等财产赔偿，不够的部分总公司补上。

在行政责任方面，行政机关会根据分公司具体的违法行为，依据相应的行政法规进行处罚。比如分公司存在偷税漏税行为，税务机关会按照税收征管法对分公司进行罚款、补缴税款、加收滞纳金等处罚。处罚对象可能是分公司本身，也可能涉及分公司的负责人和直接责任人员。对于分公司负责人和直接责任人员，可能会面临警告、罚款、暂扣或吊销相关许可证等处罚。

如果分公司的违法行为构成犯罪，要依法追究刑事责任。根据《中华人民共和国刑法》规定，单位犯罪的，对单位判处罚金，并对其直接负责的主管人员和其他直接责任人员判处刑罚。分公司犯罪时，同样遵循这一原则，分公司可能被判处罚金，分公司的相关负责人和直接责任人要承担相应的刑事处罚，如有期徒刑、拘役等。

总公司在分公司管理上负有一定责任。若总公司对分公司的违法行为存在纵容、指使等情况，总公司及其相关负责人也可能会被追究相应的法律责任。所以，总公司应加强对分公司的管理和监督，避免分公司出现违法行为。

法律依据：

《中华人民共和国公司法》 第十四条

公司可以设立分公司。设立分公司，应当向公司登记机关申请登记，领取营业执照。分公司不具有法人资格，其民事责任由公司承担。

公司可以设立子公司，子公司具有法人资格，依法独立承担民事责任。

《中华人民共和国公司法》 第三条

公司是企业法人，有独立的法人财产，享有法人财产权。公司以其全部财产对公司的债务承担责任。

有限责任公司的股东以其认缴的出资额为限对公司承担责任；股份有限公司的股东以其认购的股份为限对公司承担责任。