非法运输枪支与非法持有枪支在客观行为、侵犯法益的侧重点、对枪支来源和去向的要求上存在区别。

客观行为不同是二者的重要区别之一。非法运输枪支强调的是对枪支的空间转移行为，即通过各种交通工具或其他方式，将枪支从一个地点运送到另一个地点。这种行为通常具有一定的目的性和方向性，是一种动态的过程。例如，某人将枪支从甲地运往乙地，无论其运输的距离长短、采用何种运输方式，只要实施了使枪支发生空间位移的行为，就可能构成非法运输枪支罪。而非法持有枪支主要是指违反枪支管理规定，对枪支进行实际的控制和占有。它不要求有运输等动态行为，只要行为人事实上支配和控制着枪支即可。比如，某人将枪支存放在自己家中或随身携带，处于其实际掌控之下，就属于非法持有枪支。

侵犯法益的侧重点不同。非法运输枪支行为对公共安全的威胁更为直接和广泛。因为枪支在运输过程中，其流通范围扩大，增加了枪支落入不法分子手中或在运输途中发生意外的风险，可能对不特定多数人的生命、财产安全造成严重威胁。而非法持有枪支主要侵犯的是国家对枪支的管理制度，重点在于违反了国家关于枪支持有许可的规定，虽然也存在一定的安全隐患，但相对非法运输枪支而言，其对公共安全的直接威胁相对较小。

对枪支来源和去向的要求不同。在非法运输枪支的情况下，往往需要考虑枪支的来源和运输的目的地等因素。其运输行为可能是为了将枪支从制造地运往销售地、从藏匿地运往使用地等，存在明显的流转意图。而非法持有枪支并不特别关注枪支的来源和去向，只要行为人非法拥有枪支这一事实存在，就可能构成该罪。例如，某人拾得一把枪支后未上缴，而是私自留存，即便不清楚枪支的来源和原本的去向，也构成非法持有枪支罪。

法律依据：

《中华人民共和国刑法》 第一百二十五条

非法制造、买卖、运输、邮寄、储存枪支、弹药、爆炸物的，处三年以上十年以下有期徒刑；情节严重的，处十年以上有期徒刑、无期徒刑或者死刑。非法制造、买卖、运输、储存毒害性、放射性、传染病病原体等物质，危害公共安全的，依照前款的规定处罚。单位犯前两款罪的，对单位判处罚金，并对其直接负责的主管人员和其他直接责任人员，依照第一款的规定处罚。