房屋产权不明确时，一般由房地产行政主管部门管理。

在我国，房地产行政主管部门在处理房屋产权不明确的问题上起着关键作用。通常情况下，房地产行政主管部门负责对本行政区域内的房地产交易、权属登记等进行管理和监督。当房屋产权不明确时，其可以依据相关法律法规对房屋的产权情况进行调查和处理。

房地产行政主管部门有职责对房屋的产权来源进行追溯。比如通过查阅历史档案、土地出让资料、建设审批文件等，确定房屋最初的建设者、购买者等信息，以明确产权的归属线索。

对于存在争议的产权问题，房地产行政主管部门可以组织相关当事人进行调解。若涉及多个利益主体对房屋产权主张权利，行政主管部门可以召集各方，听取各方的陈述和证据，尝试通过协商的方式解决纠纷，确定合理的产权归属。

如果经过调查和调解仍无法明确产权，房地产行政主管部门可以根据具体情况采取进一步措施。例如，对于无人认领或者产权关系极度复杂难以确定的房屋，可能会按照相关规定对房屋进行代管。在代管期间，行政主管部门会妥善管理房屋，确保房屋的安全和合理使用。

另外，在司法程序中，房地产行政主管部门也需要配合法院等司法机关的工作。当法院对房屋产权纠纷进行审理时，行政主管部门要提供相关的产权登记资料、调查情况等，协助司法机关准确查明事实，作出公正的判决。总之，房地产行政主管部门在房屋产权不明确的管理中承担着多方面的重要职责，以保障房屋产权管理的有序性和合法性。

法律依据：

《中华人民共和国城市房地产管理法》 第四条

国家根据社会、经济发展水平，扶持发展居民住宅建设，逐步改善居民的居住条件。

《中华人民共和国城市房地产管理法》 第七条

国务院建设行政主管部门、土地管理部门依照国务院规定的职权划分，各司其职，密切配合，管理全国房地产工作。县级以上地方人民政府房产管理、土地管理部门的机构设置及其职权由省、自治区、直辖市人民政府确定。