当个体户员工挪用公款证据不足时，可采取补充收集证据、通过内部调查或协商沟通解决问题，若仍无法解决且认为有犯罪事实需要追究刑事责任，可向公安机关报案由其进一步侦查，也可考虑通过民事诉讼要求员工返还相关款项。

在证据不足的情况下，首先可以自行补充收集证据。例如查看公司的财务记录、交易凭证、员工的工作记录等，从中寻找可能与挪用公款相关的线索。财务记录能反映资金的流向，如果发现有异常的支出或者资金去向不明，可能与员工的挪用行为有关；工作记录则可以查看员工在相关时间的工作安排和操作，是否存在利用职务之便的迹象。

进行内部调查也是一种可行的方式。可以与其他员工进行交流，了解是否有人知晓相关情况，或者是否观察到该员工有异常行为。同时，也可以与涉事员工进行沟通，在沟通时注意方式方法，避免引起不必要的冲突。但要注意，这种沟通应该在合法合规的前提下进行，不能对员工进行威胁或逼迫。

如果自行补充证据和内部调查后仍然证据不足，但又怀疑员工存在挪用公款的行为，可以向公安机关报案。公安机关有专业的侦查手段和权力，能够对案件进行更深入的调查。即使一开始证据不足，公安机关也可能通过进一步的侦查获取到足够的证据。

另外，还可以考虑通过民事诉讼的途径解决。即使没有足够的证据证明员工构成挪用公款犯罪，但如果能够证明员工占用了公司的资金，就可以向法院提起民事诉讼，要求员工返还相关款项。在民事诉讼中，举证责任相对刑事诉讼会有所不同，只要能够提供初步的证据证明存在资金占用的事实，就有可能获得法院的支持。总之，在证据不足的情况下，要综合运用各种方法，合法合理地维护自身的权益。

法律依据：

《中华人民共和国刑法》 第二百六十四条

盗窃公私财物，数额较大的，或者多次盗窃、入户盗窃、携带凶器盗窃、扒窃的，处三年以下有期徒刑、拘役或者管制，并处或者单处罚金；数额巨大或者有其他严重情节的，处三年以上十年以下有期徒刑，并处罚金；数额特别巨大或者有其他特别严重情节的，处十年以上有期徒刑或者无期徒刑，并处罚金或者没收财产。