个体户员工挪用公款证据不足时，可采取补充收集证据、协商解决、向相关部门咨询或申请调解、谨慎考虑诉讼等处理方式。

当个体户面临员工挪用公款但证据不足的情况，需要谨慎处理。可以从补充收集证据方面入手。证据在处理此类问题中起着关键作用，若证据不足，后续维权会面临诸多困难。可以仔细梳理与该员工工作相关的所有资料，如财务账目、业务合同、资金流水等，查看是否存在能证明挪用公款行为的线索。同时，留意员工的日常工作表现和行为举止，若发现异常，可进行记录，可能成为后续的证据。还可以与其他了解情况的员工沟通交流，看是否能获取更多相关信息。

若暂时无法收集到足够证据，也可以尝试与员工进行协商。以平和的态度与员工沟通，表明已注意到资金方面存在的问题，希望其能说明情况。在沟通时，要注意保留聊天记录或进行录音，以防后续需要。通过协商，有可能让员工主动承认错误并归还挪用的款项。

此外，还可以向相关部门咨询或申请调解。比如向当地的工商行政管理部门咨询此类问题的处理办法，他们可能会提供一些专业的建议。也可以申请人民调解委员会进行调解，调解过程中，双方可以在中立第三方的主持下，就争议问题进行协商解决。

如果决定通过法律途径解决，在证据不足的情况下要谨慎考虑诉讼。因为诉讼需要耗费大量的时间、精力和金钱，且证据不足可能导致败诉。但如果在收集证据过程中发现了一些初步的证据，也可以咨询律师，让律师根据具体情况评估诉讼的可行性和风险。总之，在证据不足时，要综合考虑各种因素，选择最适合的处理方式，以最大程度维护自身的合法权益。

法律依据：

《最高人民检察院 公安部关于公安机关管辖的刑事案件立案追诉标准的规定（二）》 第七十七条

公司、企业或者其他单位的工作人员，利用职务上的便利，挪用本单位资金归个人使用或者借贷给他人，涉嫌下列情形之一的，应予立案追诉：

（一）挪用本单位资金数额在五万元以上，超过三个月未还的；

（二）挪用本单位资金数额在五万元以上，进行营利活动的；

（三）挪用本单位资金数额在三万元以上，进行非法活动的。

具有下列情形之一的，属于本条规定的“归个人使用”：

（一）将本单位资金供本人、亲友或者其他自然人使用的；

（二）以个人名义将本单位资金供其他单位使用的；

（三）个人决定以单位名义将本单位资金供其他单位使用，谋取个人利益的。