查账征收个体户经营所得税应纳税额的计算方式为，先计算应纳税所得额，即每一纳税年度的收入总额减除成本、费用以及损失后的余额，再根据适用税率和速算扣除数计算得出。计算公式为应纳税额=应纳税所得额×适用税率-速算扣除数。

在查账征收模式下，个体户经营所得税的计算有着明确的步骤和规则。首先要确定收入总额，这包括销售货物收入、提供劳务收入、转让财产收入、利息收入、租金收入、接受捐赠收入等所有与经营活动相关的收入。这些收入都需要按照实际发生额进行统计。

接着是扣除成本、费用和损失。成本是指个体户在生产经营活动中发生的销售成本、销货成本、业务支出以及其他耗费；费用是指个体户在生产经营活动中发生的销售费用、管理费用和财务费用，已经计入成本的有关费用除外；损失则是指个体户在生产经营活动中发生的固定资产和存货的盘亏、毁损、报废损失，转让财产损失，坏账损失，自然灾害等不可抗力因素造成的损失以及其他损失。需要注意的是，扣除项目要符合相关税法规定，有明确的范围和标准。

通过收入总额减去成本、费用和损失，就得到了应纳税所得额。然后根据应纳税所得额查找对应的税率和速算扣除数。经营所得适用百分之五至百分之三十五的超额累进税率，不同的应纳税所得额区间对应不同的税率和速算扣除数。

例如，某个体户在一个纳税年度内收入总额为100万元，成本、费用和损失共计70万元，那么应纳税所得额就是100-70 = 30万元。对照税率表，30万元对应的税率为20%，速算扣除数为10500元。则该个体户该年度经营所得税应纳税额 = 300000×20%-10500 = 49500元。

总之，查账征收个体户经营所得税的计算关键在于准确核算收入、成本、费用和损失，以及正确运用税率和速算扣除数。

法律依据：

《中华人民共和国个人所得税法》 第二条

下列各项个人所得，应当缴纳个人所得税：

（一）工资、薪金所得；

（二）劳务报酬所得；

（三）稿酬所得；

（四）特许权使用费所得；

（五）经营所得；

（六）利息、股息、红利所得；

（七）财产租赁所得；

（八）财产转让所得；

（九）偶然所得。