软件著作权侵权行为的处理方式主要有协商解决、行政投诉和司法诉讼三种。

在软件著作权领域，侵权行为时有发生，针对这类情况，有多种处理途径可供选择。

首先是协商解决。这是一种较为温和的处理方式。当发现软件著作权被侵权时，权利人与侵权人可以直接进行沟通。双方坐下来，就侵权的事实、可能造成的损失以及如何进行赔偿等问题展开讨论。通过友好协商，侵权人可能会认识到自己的错误，主动停止侵权行为，并给予权利人一定的经济赔偿。这种方式的优点在于程序简单、成本低，能够快速解决问题，同时也有助于维护双方的商业关系。例如，一些小型企业之间的软件使用纠纷，可能通过协商就能达成满意的解决方案。

其次是行政投诉。如果协商无法解决问题，权利人可以向相关的行政管理部门进行投诉。在我国，国家版权局以及地方的版权行政管理部门负责处理著作权方面的侵权案件。权利人需要向这些部门提交相关的证据，证明侵权行为的存在。行政管理部门在接到投诉后，会对案件进行调查。一旦查证属实，他们有权责令侵权人停止侵权行为，没收违法所得，没收、销毁侵权复制品，并可处以罚款。对于情节严重的，还可以没收主要用于制作侵权复制品的材料、工具、设备等。行政投诉的优点是具有权威性和强制性，能够有效打击侵权行为。

最后是司法诉讼。这是一种较为严厉的处理方式。权利人可以向有管辖权的人民法院提起民事诉讼。在诉讼过程中，权利人需要承担举证责任，证明自己是软件著作权的合法拥有者，以及侵权人存在侵权行为。法院在审理案件后，会根据具体情况作出判决。如果侵权行为成立，侵权人可能需要承担停止侵害、消除影响、赔礼道歉、赔偿损失等民事责任。赔偿数额一般按照权利人因侵权所受到的实际损失确定；实际损失难以计算的，可以按照侵权人的违法所得给予赔偿。司法诉讼的优点是能够为权利人提供最有力的法律保障，但程序相对复杂，耗时较长，成本也较高。

总之，当软件著作权受到侵权时，权利人应根据具体情况选择合适的处理方式，以维护自己的合法权益。

法律依据：

《著作权法》 第六十条

著作权纠纷可以调解，也可以根据当事人达成的书面仲裁协议或者著作权合同中的仲裁条款，向仲裁机构申请仲裁。

当事人没有书面仲裁协议，也没有在著作权合同中订立仲裁条款的，可以直接向人民法院起诉。

第六十一条

当事人因不履行合同义务或者履行合同义务不符合约定而承担民事责任，以及当事人行使诉讼权利、申请保全等，适用有关法律的规定。