侵犯软件著作权可以通过协商、调解、仲裁、诉讼等方式处理，侵权人需承担停止侵害、消除影响、赔礼道歉、赔偿损失等民事责任；同时损害社会公共利益的，由著作权行政管理部门责令停止侵权行为，没收违法所得，没收、销毁侵权复制品，可以并处罚款；情节严重的，著作权行政管理部门还可以没收主要用于制作侵权复制品的材料、工具、设备等；构成犯罪的，依法追究刑事责任。
在处理侵犯软件著作权问题时，首先可以考虑的是协商解决。当发现软件著作权被侵犯后，权利人与侵权人可以自行就侵权产生的问题进行沟通和交流，双方在平等自愿的基础上，就赔偿等事宜达成一致意见，这种方式较为简便快捷，能节省时间和精力。
如果协商不成，调解也是一种可行的途径。可以请求著作权行政管理部门、第三方调解机构等进行调解。调解机构会依据相关法律法规和事实情况，促使双方达成调解协议，解决纠纷。
对于存在仲裁协议的情况，当事人可以将纠纷提交仲裁机构进行仲裁。仲裁具有专业性、保密性等特点，仲裁裁决具有法律效力，当事人需要履行。
诉讼则是较为常见且具有强制力的解决方式。权利人可以向有管辖权的人民法院提起诉讼，要求侵权人承担相应的民事责任。根据《著作权法》规定，侵权人应当按照权利人因此受到的实际损失或者侵权人的违法所得给予赔偿；权利人的实际损失或者侵权人的违法所得难以计算的，可以参照该权利使用费给予赔偿。对故意侵犯著作权或者与著作权有关的权利，情节严重的，可以在按照上述方法确定数额的一倍以上五倍以下给予赔偿。赔偿数额还应当包括权利人为制止侵权行为所支付的合理开支。
除了民事责任，如果侵权行为损害了社会公共利益，著作权行政管理部门有权介入。其会根据具体情况责令停止侵权行为，没收违法所得，没收、销毁侵权复制品，并可以处以罚款。对于情节严重的，还会没收主要用于制作侵权复制品的材料、工具、设备等。
当侵犯软件著作权的行为达到一定严重程度，符合刑法规定的犯罪构成要件时，就会被依法追究刑事责任。例如，以营利为目的，未经著作权人许可，复制发行其计算机软件等作品，违法所得数额较大或者有其他严重情节的，将构成侵犯著作权罪，会受到相应的刑事处罚。
法律依据：
《中华人民共和国民法典》 第十条
处理民事纠纷，应当依照法律；法律没有规定的，可以适用习惯，但是不得违背公序良俗。
《中华人民共和国民法典》 第二百三十三条
物权受到侵害的，权利人可以通过和解、调解、仲裁、诉讼等途径解决。
《中华人民共和国仲裁法》 第二条
