违建商铺转让费在一定情况下能退还。若受让方在不知情的情况下支付了转让费，由于转让方隐瞒商铺是违建的重要事实，受让方有权要求退还转让费。若受让方知晓是违建仍进行转让交易，可能需根据双方过错承担相应责任，转让费不一定能全额退还。

从法律层面分析，根据《民法典》规定，一方以欺诈手段，使对方在违背真实意思的情况下实施的民事法律行为，受欺诈方有权请求人民法院或者仲裁机构予以撤销。当转让方明知商铺为违建却未如实告知受让方时，这种行为构成欺诈。受让方在得知真相后，可以通过法律途径行使撤销权。一旦转让合同被撤销，转让行为自始无效，转让方应当返还受让方支付的转让费。例如，甲将一处违建商铺转让给乙，乙在不知情的状况下支付了转让费，之后乙发现该商铺是违建，乙就可以向法院起诉要求撤销转让合同并退还转让费。

然而，如果受让方在转让过程中已经知道该商铺是违建，但仍然选择受让，那么情况就会有所不同。此时双方都存在一定过错，根据过错责任原则，双方需按照各自的过错程度分担相应的损失。比如双方对转让费退还比例进行协商，可能受让方无法收回全部转让费。

另外，若转让合同中明确约定了即使商铺是违建，转让费也不予退还的条款，该条款可能因违反法律法规的强制性规定而被认定为无效。因为违建商铺本身存在严重的法律风险，其转让行为可能不受法律保护。

在实际操作中，受让方若要主张退还转让费，需要收集相关证据，如转让合同、支付凭证、证明商铺为违建的文件等。通过与转让方协商解决是较为便捷的方式，若协商不成，可以向人民法院提起诉讼，以维护自己的合法权益。

法律依据：

《城市房地产管理法》 第三十八条

下列房地产，不得转让：

（一）以出让方式取得土地使用权的，不符合本法第三十九条规定的条件的；

（二）司法机关和行政机关依法裁定、决定查封或者以其他形式限制房地产权利的；

（三）依法收回土地使用权的；

（四）共有房地产，未经其他共有人书面同意的；

（五）权属有争议的；

（六）未依法登记领取权属证书的；

（七）法律、行政法规规定禁止转让的其他情形。