补充侦查后证据不足，会根据所处的不同诉讼阶段作出不同处理，在审查起诉阶段，检察院可以作出不起诉决定；在审判阶段，法院应当作出证据不足、指控的犯罪不能成立的无罪判决。

在刑事诉讼中，补充侦查是为了进一步查明案件事实、完善证据体系。当补充侦查后证据仍然不足时，不同阶段有不同的处理方式。

审查起诉阶段：依据《中华人民共和国刑事诉讼法》第一百七十五条规定，人民检察院审查案件，对于需要补充侦查的，可以退回公安机关补充侦查，也可以自行侦查。对于补充侦查的案件，应当在一个月以内补充侦查完毕。补充侦查以二次为限。补充侦查完毕移送人民检察院后，人民检察院重新计算审查起诉期限。对于二次补充侦查的案件，人民检察院仍然认为证据不足，不符合起诉条件的，应当作出不起诉的决定。这种不起诉被称为存疑不起诉，意味着因证据不足，无法认定犯罪嫌疑人有罪，从而终结刑事诉讼程序。犯罪嫌疑人在押的，应当立即释放。

审判阶段：根据《中华人民共和国刑事诉讼法》第二百六十条规定，第一审人民法院判决被告人无罪、免除刑事处罚的，如果被告人在押，在宣判后应当立即释放。若在审判过程中，经过补充侦查后证据依旧不足，不能认定被告人有罪的，法院应当作出证据不足、指控的犯罪不能成立的无罪判决。这体现了“疑罪从无”的原则，即当对被告人是否有罪存在疑问且证据无法达到确实、充分的标准时，应作出有利于被告人的判决。

补充侦查后证据不足的处理方式，是保障犯罪嫌疑人、被告人合法权益，维护司法公正和法治尊严的重要体现。它确保了刑事诉讼程序在证据不充分的情况下，不会错误地对公民进行定罪和处罚。

法律依据：

《中华人民共和国刑事诉讼法》 第一百七十五条

人民检察院审查案件，可以要求公安机关提供法庭审判所必需的证据材料；认为可能存在本法第五十六条规定的以非法方法收集证据情形的，可以要求其对证据收集的合法性作出说明。人民检察院审查案件，对于需要补充侦查的，可以退回公安机关补充侦查，也可以自行侦查。对于补充侦查的案件，应当在一个月以内补充侦查完毕。补充侦查以二次为限。补充侦查完毕移送人民检察院后，人民检察院重新计算审查起诉期限。对于二次补充侦查的案件，人民检察院仍然认为证据不足，不符合起诉条件的，应当作出不起诉的决定。