公司负债时股东退股的计算，需综合考虑公司的财务状况、股权的原始价值、退股方式等因素，通常有按股权比例承担债务后计算剩余价值、协商确定退股价格等方式。

要明确股东退股的常见方式，主要有股权转让和公司回购两种。在公司存在负债的情况下，不同方式的计算方法有所不同。

对于股权转让，这是股东将自己的股权转让给其他股东或者第三方。在计算退股价值时，一般需要对公司的资产和负债进行全面评估。要确定公司的净资产，即公司的总资产减去总负债。例如，公司总资产为 500 万元，总负债为 200 万元，那么净资产就是 300 万元。如果股东的持股比例为 20%，理论上其股权对应的净资产价值就是 300 万元乘以 20%，即 60 万元。但实际交易价格可能会因市场情况、股东对公司未来发展的预期等因素而有所波动。转让双方可以根据评估结果进行协商，确定最终的转让价格。

若是公司回购股权，根据《公司法》规定，在特定情形下公司可以回购股东的股权。公司回购时，同样要考虑公司的负债情况。公司需要按照法定程序对自身的财务状况进行审计和评估。股东退股时，要按照其持股比例分担公司的负债。比如，公司有一笔 100 万元的债务，某股东持股 10%，那么该股东需要承担 10 万元的债务。从其股权价值中扣除这部分承担的债务后，就是公司应支付给该股东的退股金额。

此外，如果公司章程对股东退股有特别规定，那么应当按照公司章程的规定来计算退股金额。公司章程是公司的“宪法”，在不违反法律法规的前提下，其规定具有优先适用性。总之，公司负债时股东退股的计算是一个复杂的过程，需要综合多方面因素进行考量，以确保退股行为的公平、合理、合法。

法律依据：

《中华人民共和国公司法》 第七十一条

有限责任公司的股东之间可以相互转让其全部或者部分股权。

股东向股东以外的人转让股权，应当经其他股东过半数同意。股东应就其股权转让事项书面通知其他股东征求同意，其他股东自接到书面通知之日起满三十日未答复的，视为同意转让。其他股东半数以上不同意转让的，不同意的股东应当购买该转让的股权；不购买的，视为同意转让。

经股东同意转让的股权，在同等条件下，其他股东有优先购买权。两个以上股东主张行使优先购买权的，协商确定各自的购买比例；协商不成的，按照转让时各自的出资比例行使优先购买权。

公司章程对股权转让另有规定的，从其规定。