申报债权不予确认有异议时，债权人可通过书面异议、与管理人协商、提起债权确认诉讼等法定途径解决，核心流程为“书面异议前置→协商沟通→司法救济”，需严格遵循《企业破产法》及司法解释规定的程序和时限。

当债权人申报的债权被管理人不予确认时，需通过法定程序维护权益，具体可分为以下步骤：

第一步：在法定时限内提出书面异议。根据《企业破产法》第五十七条，管理人需对申报债权进行审查并编制债权表，债权表需提交第一次债权人会议核查。债权人对债权表记载的债权有异议（包括不予确认情形），应在债权表公示后、债权人会议核查期间或管理人指定的异议期内，向管理人提交书面异议。书面异议需载明异议债权的基本信息（如债权金额、形成时间、依据等）、对管理人不予确认决定的异议理由，并附相关证据材料（如合同、转账凭证、判决书等）。书面异议是启动后续救济程序的法定前置环节，未提交书面异议直接起诉的，法院可能不予受理。

第二步：与管理人协商沟通。管理人收到书面异议后，会对异议内容及证据进行复核。债权人可主动与管理人沟通，补充提交证据（如补强债权形成的基础合同、履行凭证等），或对管理人不予确认的理由进行针对性说明（如管理人对债权时效、金额计算方式的误解）。实践中，部分异议可通过协商解决，例如管理人经复核发现审查疏漏，会修正债权表并重新记载债权。协商达成一致的，管理人需书面告知债权人结果并更新债权表；协商不成的，管理人应书面答复异议人，载明不予采纳异议的理由。

第三步：向受理破产案件的法院提起债权确认诉讼。根据《企业破产法》第五十八条第三款，债权人对管理人的异议答复仍有异议，或管理人未在合理期限内（通常为收到异议后15日内）答复的，可向受理破产申请的法院提起债权确认之诉。诉讼需以“破产企业为被告”，管理人作为破产企业的诉讼代表人参与诉讼。起诉时需提交起诉状、书面异议材料、管理人答复意见、债权申报凭证、支持债权成立的证据等。法院将围绕债权是否真实存在、金额是否准确、是否超过诉讼时效等核心问题进行审理，并作出确认或驳回异议的判决。

需特别注意的时间节点与举证责任：债权表公示后，管理人通常会指定15-30日的异议期，债权人需在该期限内提出书面异议；协商不成或管理人逾期未答复的，诉讼需在异议期届满后15日内或收到拒绝答复后15日内提起，超期可能丧失胜诉权。举证方面，债权人需对债权的真实性、合法性、关联性承担举证责任，例如证明债权源于合法合同关系、已实际履行付款义务、未超过诉讼时效等；管理人需就不予确认的理由（如债权已清偿、存在抵销情形等）提供证据。

特殊情形的处理规则：若异议债权为职工债权（如工资、社保费用），根据《企业破产法》第四十八条，职工对债权记载有异议的，无需经过书面异议程序，可直接向法院提起诉讼；若债权涉及担保物权（如抵押权、质权），需同时证明担保合同效力、担保物价值等，以主张优先受偿权。此外，多个债权人对同一债权有异议的，可作为共同原告起诉，或由法院合并审理。

综上，处理申报债权不予确认的异议需严格遵循“程序法定、证据充分、时限明确”原则，建议在提出书面异议阶段即咨询破产法律专业人士，避免因程序瑕疵或证据不足导致权益受损。

法律依据：

《中华人民共和国企业破产法》 第五十七条

管理人收到债权申报材料后，应当登记造册，对申报的债权进行审查，并编制债权表。

债权表和债权申报材料由管理人保存，供利害关系人查阅。

《中华人民共和国企业破产法》 第五十八条

依照本法第五十七条规定编制的债权表，应当提交第一次债权人会议核查。

债务人、债权人对债权表记载的债权无异议的，由人民法院裁定确认。

债务人、债权人对债权表记载的债权有异议的，可以向受理破产申请的人民法院提起诉讼。