扰乱法庭秩序罪的侦查主体为公安机关，起诉主体为人民检察院，案件处理需严格依据刑事诉讼法及刑法相关规定执行。

扰乱法庭秩序罪是指在法庭审理过程中，以法定方式实施扰乱法庭秩序、情节严重的行为，根据《中华人民共和国刑法》第309条规定，该罪的行为类型包括聚众哄闹、冲击法庭，殴打司法工作人员或诉讼参与人，侮辱、诽谤、威胁司法工作人员或诉讼参与人且不听法庭制止，有损坏法庭设施、抢夺或损毁诉讼文书、证据等扰乱法庭秩序行为且情节严重的情形。作为公诉案件，其侦查与起诉程序需遵循刑事诉讼法的管辖规则。

从侦查主体来看，根据《中华人民共和国刑事诉讼法》第19条规定，刑事案件的侦查由公安机关进行，法律另有规定的除外。而扰乱法庭秩序罪不属于“法律另有规定”的情形，即不由人民检察院、国家安全机关等其他机关直接侦查。这是因为该罪的犯罪主体多为普通诉讼参与人、旁听人员等非司法工作人员，行为发生场所虽在法庭，但本质上属于一般危害社会管理秩序的刑事案件，符合公安机关对普通刑事案件的侦查管辖范围。实践中，法庭工作人员发现扰乱法庭秩序的行为后，若认为情节严重可能构成犯罪，会及时固定证据并移交公安机关，由公安机关依法立案侦查，包括调查取证、讯问嫌疑人、审查案件性质等环节，确保案件事实清楚、证据确实充分。

关于起诉主体，根据《中华人民共和国刑事诉讼法》第169条规定，凡需要提起公诉的案件，一律由人民检察院审查决定。公安机关侦查终结后，会将案件移送人民检察院审查起诉。人民检察院需对案件进行全面审查，包括犯罪事实是否清楚、证据是否确实充分、适用法律是否正确、有无遗漏罪行等。经审查认为符合起诉条件的，将向人民法院提起公诉；若存在证据不足、情节显著轻微等情形，可依法作出不起诉决定。这一程序设计体现了刑事诉讼中“分工负责、互相配合、互相制约”的原则，确保案件处理的合法性与公正性。

从法律依据来看，《中华人民共和国刑法》第309条明确了扰乱法庭秩序罪的构成要件及量刑标准，而《中华人民共和国刑事诉讼法》第19条、第169条等条款则规定了刑事案件的侦查管辖与审查起诉程序。两者共同构成了该罪侦查与起诉的法律基础。需要注意的是，扰乱法庭秩序罪的认定需满足“情节严重”的条件，实践中需结合行为方式、危害后果等综合判断，避免将轻微违规行为纳入刑事处罚范围。

此外，案件管辖需遵循“属地原则”，通常由犯罪行为发生地的公安机关负责侦查，同级人民检察院审查起诉，以确保案件处理的及时性和便利性。公安机关与人民检察院在办理此类案件时，需严格区分刑事犯罪与法庭纪律处分的界限，对于不构成犯罪的扰乱行为，应由法庭依照《中华人民共和国民事诉讼法》《中华人民共和国刑事诉讼法》等规定予以训诫、罚款或拘留，实现法律效果与社会效果的统一。

法律依据：

《公安机关办理刑事案件程序规定》 第十四条

根据刑事诉讼法的规定，除下列情形外，刑事案件由公安机关管辖：

（一）监察机关管辖的职务犯罪案件；

（二）人民检察院管辖的在对诉讼活动实行法律监督中发现的司法工作人员利用职权实施的非法拘禁、刑讯逼供、非法搜查等侵犯公民权利、损害司法公正的犯罪，以及经省级以上人民检察院决定立案侦查的公安机关管辖的国家机关工作人员利用职权实施的重大犯罪案件；

（三）人民法院管辖的自诉案件。对于人民法院直接受理的被害人有证据证明的轻微刑事案件，因证据不足驳回起诉，人民法院移送公安机关或者被害人向公安机关控告的，公安机关应当受理；被害人直接向公安机关控告的，公安机关应当受理。