协议离婚时若双方已就男方抚养孩子达成一致，通常法院不会再对抚养权进行判决。只要协议是双方真实意思表示，内容不违反法律、行政法规的强制性规定，不违背公序良俗，该协议关于孩子抚养权的约定就是有效的。

在协议离婚的情形下，男女双方会就子女抚养等问题进行协商并达成协议。根据《中华人民共和国民法典》第一千零七十六条规定，夫妻双方自愿离婚的，应当签订书面离婚协议，并亲自到婚姻登记机关申请离婚登记。离婚协议应当载明双方自愿离婚的意思表示和对子女抚养、财产以及债务处理等事项协商一致的意见。所以，当双方在离婚协议中明确约定孩子由男方抚养时，这是双方自主意愿的体现。

从法律层面来看，只要该协议不存在欺诈、胁迫等导致协议可撤销的情形，也不存在违反法律强制性规定和公序良俗的内容，那么该协议对双方具有法律约束力。在办理离婚登记后，就按照协议约定，孩子由男方抚养。

如果在签订离婚协议过程中存在一方以欺诈、胁迫手段使对方在违背真实意思的情况下签订协议，或者协议内容违反法律强制性规定，比如约定免除一方支付抚养费的义务而导致孩子生活陷入困境等，另一方可以在法定期限内向法院请求撤销该协议。

若在离婚后出现了一些重大情况变化，例如男方出现严重疾病、虐待孩子等不利于孩子成长的情形，女方可以向法院提起变更抚养权之诉。法院会根据具体情况，按照最有利于未成年子女的原则进行判决。但在协议离婚且协议有效的情况下，一般不会主动对已约定好的抚养权进行判决。

法律依据：

《中华人民共和国刑法》 第二百三十四条

故意伤害他人身体的，处三年以下有期徒刑、拘役或者管制。犯前款罪，致人重伤的，处三年以上十年以下有期徒刑；致人死亡或者以特别残忍手段致人重伤造成严重残疾的，处十年以上有期徒刑、无期徒刑或者死刑。本法另有规定的，依照规定。

《中华人民共和国刑法》 第二百九十三条

有下列寻衅滋事行为之一，破坏社会秩序的，处五年以下有期徒刑、拘役或者管制：

（一）随意殴打他人，情节恶劣的；

（二）追逐、拦截、辱骂、恐吓他人，情节恶劣的；

（三）强拿硬要或者任意损毁、占用公私财物，情节严重的；

（四）在公共场所起哄闹事，造成公共场所秩序严重混乱的。

纠集他人多次实施前款行为，严重破坏社会秩序的，处五年以上十年以下有期徒刑，可以并处罚金。