两年内不在一起不会自动离婚。在我国，不存在自动离婚的说法，离婚必须通过法定程序，即协议离婚或诉讼离婚。

婚姻关系是受法律保护的社会关系，解除婚姻关系也需要遵循相应的法律规定。根据我国法律，离婚只有两种合法途径。

第一种是协议离婚。夫妻双方自愿离婚的，应当签订书面离婚协议，并亲自到婚姻登记机关申请离婚登记。离婚协议应当载明双方自愿离婚的意思表示和对子女抚养、财产以及债务处理等事项协商一致的意见。自婚姻登记机关收到离婚登记申请并向当事人发放《离婚登记申请受理回执单》之日起三十日内，任何一方不愿意离婚的，可以持本人有效身份证件和《离婚登记申请受理回执单》，向受理离婚登记申请的婚姻登记机关撤回离婚登记申请，并亲自填写《撤回离婚登记申请书》。经婚姻登记机关核实无误后，发给《撤回离婚登记确认单》，并将离婚协议书等相关材料存档。自离婚冷静期届满后三十日内，双方未共同到婚姻登记机关申请发给离婚证的，视为撤回离婚登记申请。冷静期届满后，双方应当亲自到婚姻登记机关申请发给离婚证；符合条件的，予以登记，发给离婚证。

第二种是诉讼离婚。夫妻一方要求离婚的，可以由有关组织进行调解或者直接向人民法院提起离婚诉讼。人民法院审理离婚案件，应当进行调解；如果感情确已破裂，调解无效的，应当准予离婚。其中，因感情不和分居满二年是法院认定夫妻感情破裂的情形之一，但这并不意味着只要分居满两年就一定会判决离婚，法院还需要综合考虑其他因素。并且，即使符合分居满两年等法定情形，也需要经过法院的判决才能解除婚姻关系，而不是自动离婚。

综上所述，无论夫妻分居多久，都不会自动离婚，必须通过上述法定程序来解除婚姻关系。

法律依据：

《中华人民共和国刑事诉讼法》 第一百七十二条

人民检察院对于监察机关、公安机关移送起诉的案件，应当在一个月以内作出决定，重大、复杂的案件，可以延长十五日；犯罪嫌疑人认罪认罚，符合速裁程序适用条件的，应当在十日以内作出决定，对可能判处的有期徒刑超过一年的，可以延长至十五日。人民检察院审查起诉的案件，改变管辖的，从改变后的人民检察院收到案件之日起计算审查起诉期限。