保密协议中公司既可以是甲方，也可以是乙方，在合同里甲乙双方的确定并非固定，主要由合同双方自行协商决定。

在保密协议里，甲方和乙方只是一种合同主体的代称，并没有法律规定公司必须是甲方或者乙方。其确定通常是基于双方的约定或者行业习惯。

当公司作为需要保密信息的接收方时，可能会将自己列为乙方。比如，公司从其他企业获取了一些技术资料、商业计划等敏感信息，为了明确自身保密义务，在协议里可能就会以乙方身份出现。这种情况下，协议重点可能在于约束公司不得将这些信息泄露给第三方，要妥善保管并仅用于特定目的。例如，一家小型软件公司从大型科技企业获得了某项先进算法的使用授权，小型软件公司为乙方，大型科技企业为甲方，保密协议主要约束小型软件公司对算法的保密。

相反，当公司是保密信息的拥有者，需要对方保密时，往往会将自己列为甲方。像公司研发出了独特的产品配方、客户名单等，与合作方签订保密协议，以确保合作方不会泄露这些信息。此时，协议的核心是要求合作方（乙方）承担保密责任。比如，一家化妆品公司将生产配方提供给代加工厂，化妆品公司作为甲方，代加工厂作为乙方，保密协议会着重规定代加工厂对配方的保密措施和责任。

所以，在保密协议中，公司究竟作为甲方还是乙方，并没有固定模式，关键取决于协议双方的协商和保密信息的流向等实际情况。无论公司处于甲方还是乙方的位置，都要明确各自在协议中的权利和义务，以保障保密协议能有效履行，维护双方的合法权益。

法律依据：

《中华人民共和国刑事诉讼法》 第二百五十四条

各级人民法院院长对本院已经发生法律效力的判决和裁定，如果发现在认定事实上或者在适用法律上确有错误，必须提交审判委员会处理。

最高人民法院对各级人民法院已经发生法律效力的判决和裁定，上级人民法院对下级人民法院已经发生法律效力的判决和裁定，如果发现确有错误，有权提审或者指令下级人民法院再审。

最高人民检察院对各级人民法院已经发生法律效力的判决和裁定，上级人民检察院对下级人民法院已经发生法律效力的判决和裁定，如果发现确有错误，有权按照审判监督程序向同级人民法院提出抗诉。