职务侵占罪证据不足时，在不同阶段有不同处理方式。侦查阶段可能会撤销案件，审查起诉阶段检察院可能作出不起诉决定，审判阶段法院可能作出证据不足、指控的犯罪不能成立的无罪判决。

在刑事诉讼中，证据是认定犯罪事实的关键依据。当职务侵占罪证据不足时，根据不同的诉讼阶段，会有相应的处理方式。

侦查阶段。公安机关对职务侵占案件进行侦查时，如果发现证据不足，经过进一步调查仍无法获取足够证据证明犯罪嫌疑人实施了职务侵占行为，依据《中华人民共和国刑事诉讼法》的相关规定，公安机关应当撤销案件。这是因为在证据不充分的情况下，继续侦查可能会浪费司法资源，也可能对嫌疑人的合法权益造成不必要的损害。

审查起诉阶段。人民检察院在审查公安机关移送的职务侵占案件时，若认为证据不足，不符合起诉条件，可以退回公安机关补充侦查，也可以自行侦查。补充侦查以二次为限。对于二次补充侦查的案件，人民检察院仍然认为证据不足，不符合起诉条件的，应当作出不起诉的决定。这种处理方式体现了检察机关对案件质量的把关，避免将证据不足的案件提交法院审判，保障了犯罪嫌疑人的合法权益。

审判阶段。在法院审理职务侵占案件过程中，如果控方提供的证据不足，不能认定被告人有罪的，根据疑罪从无的原则，法院应当作出证据不足、指控的犯罪不能成立的无罪判决。这是保障被告人合法权益的重要体现，确保司法公正，避免冤假错案的发生。

对于因证据不足而未被追究刑事责任的情况，受害人还可以通过民事诉讼的途径，要求行为人承担相应的民事责任，以维护自己的合法权益。在职务侵占罪证据不足的情况下，要严格按照法律程序处理，保障各方的合法权益。

法律依据：

《中华人民共和国刑事诉讼法》 第一百七十五条

人民检察院审查案件，可以要求公安机关提供法庭审判所必需的证据材料；认为可能存在本法第五十六条规定的以非法方法收集证据情形的，可以要求其对证据收集的合法性作出说明。人民检察院审查案件，对于需要补充侦查的，可以退回公安机关补充侦查，也可以自行侦查。对于补充侦查的案件，应当在一个月以内补充侦查完毕。补充侦查以二次为限。补充侦查完毕移送人民检察院后，人民检察院重新计算审查起诉期限。对于二次补充侦查的案件，人民检察院仍然认为证据不足，不符合起诉条件的，应当作出不起诉的决定。