自然人股东转让股权，应按“财产转让所得”缴纳个人所得税，以股权转让收入减除股权原值和合理费用后的余额为应纳税所得额，税率为20%。

明确应纳税所得额的计算方式。根据《中华人民共和国个人所得税法》及其实施条例规定，财产转让所得以转让财产的收入额减除财产原值和合理费用后的余额，为应纳税所得额。在股权转让中，股权转让收入是指转让方因股权转让而获得的现金、实物、有价证券和其他形式的经济利益。如果转让方取得与股权转让相关的各种款项，包括违约金、补偿金以及其他名目的款项、资产、权益等，均应当并入股权转让收入。

股权原值的确定则根据不同情形有所不同。以现金出资方式取得的股权，按照实际支付的价款与取得股权直接相关的合理税费之和确认股权原值；以非货币性资产出资方式取得的股权，按照税务机关认可或核定的投资入股时非货币性资产价格与取得股权直接相关的合理税费之和确认股权原值；通过无偿让渡方式取得股权，具备规定情形的，按取得股权发生的合理税费与原持有人的股权原值之和确认股权原值等。

合理费用是指股权转让时按照规定支付的有关税费，比如印花税、资产评估费、中介服务费等。

关于纳税申报。扣缴义务人应于股权转让相关协议签订后5个工作日内，将股权转让的有关情况报告主管税务机关。被投资企业应当详细记录股东持有本企业股权的相关成本，如实向税务机关提供与股权转让有关的信息，协助税务机关依法执行公务。

纳税地点。个人股权转让所得个人所得税以被投资企业所在地税务机关为主管税务机关。也就是说，自然人股东转让股权，需要在被投资企业所在地的税务机关办理纳税申报和缴纳个人所得税。自然人股东转让股权缴纳个人所得税需要准确计算应纳税所得额，并按规定进行申报和缴纳。

法律依据：

《中华人民共和国公司法》 第七十一条

有限责任公司的股东之间可以相互转让其全部或者部分股权。

股东向股东以外的人转让股权，应当经其他股东过半数同意。股东应就其股权转让事项书面通知其他股东征求同意，其他股东自接到书面通知之日起满三十日未答复的，视为同意转让。其他股东半数以上不同意转让的，不同意的股东应当购买该转让的股权；不购买的，视为同意转让。

经股东同意转让的股权，在同等条件下，其他股东有优先购买权。两个以上股东主张行使优先购买权的，协商确定各自的购买比例；协商不成的，按照转让时各自的出资比例行使优先购买权。

公司章程对股权转让另有规定的，从其规定。