刑事案件侦查阶段流程主要包括立案、侦查行为实施、强制措施适用、侦查终结几个环节。

立案环节。公安机关或者人民检察院发现犯罪事实或者犯罪嫌疑人，应当按照管辖范围，立案侦查。立案的前提是有犯罪事实发生且需要追究刑事责任。对于报案、控告、举报、自首等材料，司法机关会进行审查，认为有犯罪事实需要追究刑事责任的时候，应当立案；认为没有犯罪事实，或者犯罪事实显著轻微，不需要追究刑事责任的时候，不予立案，并且将不立案的原因通知控告人。

在立案之后，就进入侦查行为实施阶段。侦查机关会采取多种侦查手段收集证据，查明犯罪事实。常见的侦查行为包括讯问犯罪嫌疑人，这是获取犯罪嫌疑人供述和辩解的重要方式，讯问时应当保证犯罪嫌疑人的合法权益，严禁刑讯逼供等非法方法。询问证人也是重要的侦查行为，通过询问了解案件相关情况。还有勘验、检查、搜查、查封、扣押物证、书证、鉴定等侦查措施，以获取与案件有关的各种证据。

强制措施适用是侦查阶段的重要部分。为了保证侦查活动的顺利进行，侦查机关可以根据案件情况对犯罪嫌疑人采取拘传、取保候审、监视居住、拘留、逮捕等强制措施。这些强制措施的适用都有严格的条件和程序，例如逮捕需要有证据证明有犯罪事实，可能判处徒刑以上刑罚，采取取保候审尚不足以防止发生社会危险性等条件。

侦查终结阶段。侦查机关经过一系列侦查活动，认为案件事实已经查清，证据确实、充分，足以认定犯罪嫌疑人是否犯罪和应否对其追究刑事责任时，侦查即告终结。侦查终结后，对于犯罪事实清楚，证据确实、充分，犯罪性质和罪名认定正确，法律手续完备，依法应当追究刑事责任的案件，应当写出起诉意见书，连同案卷材料、证据一并移送同级人民检察院审查决定；对于不应当对犯罪嫌疑人追究刑事责任的，应当撤销案件；犯罪嫌疑人已被逮捕的，应当立即释放，发给释放证明，并且通知原批准逮捕的人民检察院。

法律依据：

《中华人民共和国刑事诉讼法》 第一百六十二条

公安机关侦查终结的案件，应当做到犯罪事实清楚，证据确实、充分，并且写出起诉意见书，连同案卷材料、证据一并移送同级人民检察院审查决定；同时将案件移送情况告知犯罪嫌疑人及其辩护律师。

犯罪嫌疑人自愿认罪的，应当记录在案，随案移送，并在起诉意见书中写明有关情况。