办理不动产证后购房合同被回收通常无需特别办理后续操作，若因特殊情况需留存相关凭证，可向相关部门说明情况复印留存合同，或在相关业务中凭借不动产证作为权益证明。

首先要明确办理不动产证时购房合同被回收是较为常见的情况。一般来说，相关部门在办理不动产证的过程中，需要购房合同作为办理依据，所以会将其收回存档。这是正规的流程操作，购房者不用过度担心自己的权益受损。

因为不动产证是房屋产权的重要凭证，它证明了购房者对该房屋拥有合法的产权。不动产证上详细记录了房屋的相关信息，如房屋坐落、面积、产权人等，其法律效力是明确且受到法律保护的。在完成不动产证办理后，即便购房合同被回收，购房者凭借不动产证就能在很多事务中证明自己的房屋产权归属。

如果购房者因某些原因需要留存购房合同，比如后续可能涉及房屋交易、租赁等情况，需要向相关部门出示购房合同以证明交易的原始情况等。此时，购房者可以向回收合同的部门提出复印合同的请求。通常，相关部门会配合购房者的合理需求，为其提供合同的复印件，并加盖公章以确认其与原件一致。

若购房者对合同回收有疑问或担忧，也可以在回收合同的时候要求相关部门出具一份合同已被回收的证明文件，注明合同的基本信息以及回收的用途等内容，这样也能在一定程度上保障购房者的权益。办理不动产证后购房合同被回收，购房者要了解这是正常流程，若有需求可采取合理方式留存相关证明材料。

法律依据：

《不动产登记暂行条例》 第十六条

申请人应当提交下列材料，并对申请材料的真实性负责：

（一）登记申请书；

（二）申请人、代理人身份证明材料、授权委托书；

（三）相关的不动产权属来源证明材料、登记原因证明文件、不动产权属证书；

（四）不动产界址、空间界限、面积等材料；

（五）与他人利害关系的说明材料；

（六）法律、行政法规以及本条例实施细则规定的其他材料。

《中华人民共和国民法典》 第二百一十一条

当事人申请登记，应当根据不同登记事项提供权属证明和不动产界址、面积等必要材料。