公司擅自变更登记事项时，需要根据具体情况采取相应措施处理。一般应及时改正，主动向登记机关申请变更登记，若已被登记机关发现并责令改正，需按要求在规定期限内完成整改；若已受到处罚，要积极履行处罚决定，同时采取措施避免类似情况再次发生。

要明确公司擅自变更登记事项是违反《中华人民共和国市场主体登记管理条例》的行为。依据该条例，公司登记事项发生变更时，应当依法向登记机关申请变更登记。一旦被登记机关发现公司存在擅自变更登记事项的情况，会面临相应的法律后果。

当发现公司擅自变更登记事项后，第一步是尽快主动整改。公司应梳理变更的具体事项，如公司名称、住所、法定代表人、经营范围等，准备好申请变更登记所需的材料。通常需要提交变更登记申请书、依照《公司法》作出的变更决议或者决定等文件。材料准备齐全后，及时向原公司登记机关申请变更登记。主动申请变更登记，能够体现公司积极改正错误的态度，在一定程度上可能会减轻后续可能面临的处罚。

如果登记机关已经发现公司擅自变更登记事项并责令改正，公司必须严格按照要求，在规定的期限内完成整改。登记机关会根据公司的整改情况进行复查。若公司未能在规定期限内完成整改，登记机关将依法进行处罚。根据相关规定，市场主体未依照本条例办理变更登记的，由登记机关责令改正；拒不改正的，处1万元以上10万元以下的罚款；情节严重的，吊销营业执照。

若公司已经受到登记机关的处罚，应积极履行处罚决定，如缴纳罚款等。同时，公司内部要进行反思和总结，建立健全内部管理机制，加强对登记事项变更流程的规范和监督，避免类似情况再次发生。还应加强对法律法规的学习，提高法律意识，确保公司的运营活动合法合规。

法律依据：

《中华人民共和国公司法》 第一百七十九条

公司合并或者分立，登记事项发生变更的，应当依法向公司登记机关办理变更登记；公司解散的，应当依法办理公司注销登记；设立新公司的，应当依法办理公司设立登记。

公司增加或者减少注册资本，应当依法向公司登记机关办理变更登记。