果树被火烧了，可根据不同情况向不同部门申请补偿。若因自然灾害导致，可向民政部门申请救助；若是他人故意或过失引发火灾，应通过公安部门追究责任人责任并协商赔偿；涉及森林火灾相关情况，可向林业部门反映；若在农业保险覆盖范围内，可向投保的保险公司申请理赔。

民政部门。当果树因自然灾害如雷击等引发的火灾受损时，民政部门负责自然灾害救助工作。其会对受灾情况进行统计和评估，根据相关政策为受灾群众提供一定的救助资金或物资，以帮助恢复生产生活。受灾者需及时向当地民政部门报告受灾情况，配合工作人员进行灾情核实和登记。

其次，公安部门。如果是他人故意纵火或者因疏忽大意导致火灾蔓延至果树，这种情况下，公安部门会对火灾原因进行调查，确定责任人。受灾者可以通过公安部门找到责任人，并与其协商赔偿事宜。若协商不成，还可以通过民事诉讼的方式，要求责任人承担赔偿责任，赔偿因果树被烧所遭受的经济损失，包括果树本身的价值以及预期收益等。

再者，林业部门。若果树处于林地范围内，属于森林资源的一部分，或者火灾涉及到森林生态环境，林业部门会介入处理。林业部门有专业的人员和设备对森林火灾进行扑救和后续处理。他们会对火灾造成的森林资源损失进行评估，包括果树的损失情况。受灾者可向林业部门反映情况，寻求相关的支持和补偿措施。

最后，保险公司。如果受灾者此前为果树购买了农业保险，那么在果树被火烧后，应及时向投保的保险公司报案。保险公司会安排专业人员到现场勘查定损，根据保险合同的约定进行理赔。农业保险可以在一定程度上弥补受灾者的经济损失，帮助其恢复果树种植生产。

法律依据：

《自然灾害救助条例》 第九条

县级以上人民政府应当建立健全自然灾害救助应急指挥技术支撑系统，并为自然灾害救助工作提供必要的交通、通信等装备。

《自然灾害救助条例》 第十条

国家建立自然灾害救助物资储备制度，由国务院民政部门分别会同国务院财政部门、发展改革部门制定全国自然灾害救助物资储备规划和储备库规划，并组织实施。设区的市级以上人民政府和自然灾害多发、易发地区的县级人民政府应当根据自然灾害特点、居民人口数量和分布等情况，按照布局合理、规模适度的原则，设立自然灾害救助物资储备库。