农村房产证更换户主通常去当地的不动产登记机构办理，部分地区是在乡镇的自然资源所或相关基层办事窗口。

在我国，不动产实行统一登记制度。农村房产证更换户主属于不动产登记事项的变更，按照规定要到专门的不动产登记机构进行办理。

从具体的机构设置来看，很多地方都设立了不动产登记中心，这是集中办理不动产相关登记业务的专门场所，农村房产证更换户主的业务可以在这里办理。不过，考虑到农村地区的实际情况以及为了方便群众办事，一些地区会将相关业务下沉到基层。比如，乡镇的自然资源所也可以受理农村房产证更换户主的申请。自然资源所对当地的土地和房产情况比较熟悉，能够更好地为村民提供服务。

在办理之前，需要明确更换户主的原因。常见的原因有继承、赠与、买卖等。不同的原因所需要的办理材料和流程会有所不同。如果是因继承导致的户主更换，需要提供被继承人的死亡证明、遗嘱（如果有）、继承人的身份证明等材料。若是赠与或买卖，则需要提供赠与合同或买卖合同等相关文件。

具体的办理流程一般包括申请、受理、审核、登簿、发证等环节。申请人要填写不动产登记申请书，提交相关材料。登记机构会对材料进行审核，必要时可能会进行实地查看。审核通过后，会将变更信息记载于不动产登记簿，并为新户主颁发新的不动产权证书。

总之，农村房产证更换户主一般是到当地不动产登记机构或乡镇自然资源所办理，在办理时要根据具体情况准备好相应材料，按照规定流程进行操作。

法律依据：

《中华人民共和国户口登记条例》 第五条

户口登记以户为单位。同主管人共同居住一处的立为一户，以主管人为户主。单身居住的自立一户，以本人为户主。居住在机关、团体、学校、企业、事业等单位内部和公共宿舍的户口共立一户或者分别立户。户主负责按照本条例的规定申报户口登记。

《中华人民共和国户口登记条例》 第十九条

公民因结婚、离婚、收养、认领、分户、并户、失踪、寻回或者其他事由引起户口变动的时候，由户主或者本人向户口登记机关申报变更登记。