离婚后房产证在女方手里，需根据离婚方式及房产归属情况来办理相关手续。若协议离婚且房产归属明确，双方应按协议执行；若通过法院判决离婚，可依据判决书办理。

明确房产的归属是关键。如果是协议离婚，在离婚协议中应该对房产的归属有明确的约定。若房产归男方所有，男方可以要求女方配合办理房产过户手续。女方持有房产证并不影响过户流程，双方需携带身份证、离婚证、离婚协议书、房产证等相关材料，前往当地的不动产登记中心办理过户。在办理过程中，可能需要缴纳一定的税费，具体费用根据当地政策和房产情况而定。

若双方是通过法院判决离婚，且判决书明确房产归男方所有，即便房产证在女方手中，男方也可凭借生效的判决书到不动产登记中心申请办理过户。不动产登记中心会依据法院的判决，为男方办理新的房产证。

如果女方拒绝配合办理过户手续，男方可以采取法律手段。对于协议离婚的情况，男方可以向法院提起诉讼，要求女方履行离婚协议，配合办理过户。法院判决后，若女方仍不执行，男方可以申请强制执行。对于法院判决离婚的情况，若女方不配合，男方可直接向法院申请强制执行，法院会向不动产登记中心发出协助执行通知书，登记中心会依据通知书为男方办理过户。

此外，在办理房产过户手续前，要确保房产没有抵押、查封等限制交易的情况。如果存在这些情况，需要先解决相关问题，才能顺利办理过户。总之，离婚后房产证在女方手里，男方要依据具体情况，通过合法途径办理房产过户手续，保障自己的合法权益。

法律依据：

《不动产登记暂行条例》 第二十一条

登记事项自记载于不动产登记簿时完成登记。

不动产登记机构完成登记，应当依法向申请人核发不动产权属证书或者登记证明。

《中华人民共和国城市房地产管理法》 第三十七条

房地产转让，是指房地产权利人通过买卖、赠与或者其他合法方式将其房地产转移给他人的行为。