申请劳动仲裁时若公司不配合，劳动者不用担心，仲裁程序会按法定流程推进，可通过多种法定方式解决。一般仲裁机构会用法律规定的方式送达文书，若公司无正当理由拒不到庭，可缺席裁决，劳动者还有后续强制执行手段保障权益。

在劳动仲裁过程中，如果公司不配合，有以下多种法定处理途径。首先是文书送达方面，仲裁委有多种送达手段。根据规定，劳动仲裁文书可采用直接送达、留置送达、委托送达、邮寄送达、转交送达、公告送达等方式。比如直接送达时，若公司拒绝接收仲裁文书，送达人可邀请有关基层组织或者所在单位的代表到场，说明情况，在送达回证上记明拒收事由和日期，由送达人、见证人签名或者盖章，把仲裁文书留在受送达人的住所，即视为送达，这就是留置送达，以保证公司能知晓仲裁相关事宜。

若公司接到书面通知后，无正当理由拒不到庭或者未经仲裁庭同意中途退庭，仲裁庭可以缺席裁决。这意味着即便公司不参与仲裁庭审，仲裁庭仍会根据现有证据和查明的事实进行裁决，不会因为公司不配合而影响仲裁程序的进行。

当仲裁裁决生效后，如果公司不履行仲裁裁决确定的义务，劳动者可以向人民法院申请强制执行。人民法院有权采取查询、冻结、划拨被申请执行人的存款；扣留、提取被申请执行人的收入；查封、扣押、拍卖、变卖被申请执行人的财产等强制执行措施，迫使公司履行义务，保障劳动者的合法权益得以实现。

所以，即便公司不配合劳动仲裁，只要劳动者的诉求合理合法，并有充分的证据支持，依然可以通过法定程序维护自己的权益。

法律依据：

《劳动争议调解仲裁法》 第三十条

劳动争议仲裁委员会受理仲裁申请后，应当在五日内将仲裁申请书副本送达被申请人。

被申请人收到仲裁申请书副本后，应当在十日内向劳动争议仲裁委员会提交答辩书。劳动争议仲裁委员会收到答辩书后，应当在五日内将答辩书副本送达申请人。被申请人未提交答辩书的，不影响仲裁程序的进行。