有贷款的房子房产证可能在购房者自己手中，也可能在银行等贷款机构或房管局等登记部门，具体取决于贷款类型、地区政策和银行规定。

在不同的贷款和地区情况下，有贷款房子的房产证存放位置有所不同。

在购房者自己手中：随着不动产登记制度推进和相关管理的完善，现在越来越多的地区，即使房子存在贷款，购房者也能拿到房产证原件。银行放贷主要是基于房产抵押，如今多数是通过在不动产登记部门办理抵押登记手续来保障其抵押权，而不再以扣押房产证来作为主要风控手段。例如在一些大城市，购房者在完成房屋产权登记后，房产证会直接发放给购房者，同时在房产证上会标注抵押登记的相关信息，表明该房产处于抵押状态。

在银行等贷款机构：在以前，很多银行会要求将房产证原件抵押在银行，直至贷款还清。虽然这种情况目前越来越少，但在一些地区或某些银行仍然存在。银行持有房产证原件，自认为能更直接地保障自身权益，防止借款人在贷款未还清前私自处置房产。

在房管局等登记部门：部分地区会将房产证交由当地的房管局或不动产登记中心保管。在办理房产抵押登记时，这些部门会留存房产证，待贷款还清、抵押解除后，购房者再去领取房产证。这主要是出于规范管理和保障交易安全的考虑，确保房产抵押信息准确记录和管理。

总之，有贷款房子的房产证存放位置没有统一标准，要根据具体情况来确定。购房者可以向贷款银行咨询了解自己房产证的具体存放处。

法律依据：

《城市房地产抵押管理办法》 第三十条

房地产抵押合同自签订之日起30日内，抵押当事人应当到房地产所在地的房地产管理部门办理房地产抵押登记。

第三十三条

登记机关应当对申请人的申请进行审核。凡权属清楚、证明材料齐全的，应当在受理登记之日起7日内决定是否予以登记，对不予登记的，应当书面通知申请人。

第三十四条

以依法取得的房屋所有权证书的房地产抵押的，登记机关应当在原《房屋所有权证》上作他项权利记载后，由抵押人收执。并向抵押权人颁发《房屋他项权证》。以预售商品房或者在建工程抵押的，登记机关应当在抵押合同上作记载。抵押的房地产在抵押期间竣工的，当事人应当在抵押人领取房地产权属证书后，重新办理房地产抵押登记。