个体户发票作废后若要退税，对于已预缴税款的情况，需在电子税务局或前往办税服务厅等渠道按流程申请，需准备相关证明资料，经税务机关审核通过后完成退税。

发票作废分为不同情况。对于当月开具的发票，可直接在开票系统中进行作废操作；而跨月的发票则需要开具红字发票冲销。当个体户完成发票作废操作后，如果涉及多缴税款需要退税，要按照相应的流程来办理。

如果是通过电子税务局申请退税，一般流程如下：登录当地电子税务局，进入“我要办税”模块，找到“一般退（抵）税管理”选项，在其中选择“误收多缴退抵税”或其他合适的退税申请项目。在填写申请表时，要准确填写纳税人信息、退税原因、退税金额等内容。其中退税原因要明确说明是因为发票作废导致多缴税款。同时，需上传相关的证明材料，如作废发票的全部联次电子图片、完税凭证等，以便税务机关审核。

若选择前往办税服务厅办理退税，个体户需要携带相关资料前往。这些资料通常包括《退（抵）税申请表》，需详细填写申请退税的具体信息；作废发票的全部联次原件及复印件，复印件要清晰可辨；完税凭证原件及复印件，以证明已缴纳的税款情况；还有营业执照副本原件及复印件等。税务机关在收到申请后，会对提交的资料进行审核。审核内容包括资料的完整性、准确性，以及退税申请是否符合相关规定等。

在税务机关审核通过后，会按照规定的程序将多缴的税款退还到个体户指定的银行账户。整个退税过程可能需要一定的时间，个体户可以通过电子税务局或联系主管税务机关查询退税进度。此外，不同地区的税务机关在具体操作流程和要求上可能会存在一定的差异，所以在办理退税前，建议个体户向当地税务机关进行详细咨询，以确保退税申请顺利进行。

法律依据：

《中华人民共和国发票管理办法》 第三条

本办法所称发票，是指在购销商品、提供或者接受服务以及从事其他经营活动中，开具、收取的收付款凭证。

第四条

国务院税务主管部门统一负责全国的发票管理工作。省、自治区、直辖市税务机关依据职责做好本行政区域内的发票管理工作。

财政、审计、市场监督管理、公安等有关部门在各自的职责范围内，配合税务机关做好发票管理工作。