建筑工程承包合同印花税按照合同金额的万分之三计算。

在我国税收体系中，印花税是对经济活动和经济交往中订立、领受具有法律效力的凭证的行为所征收的一种税。对于建筑工程承包合同而言，其印花税的计算有着明确的规定。

计算依据：根据《中华人民共和国印花税法》所附《印花税税目税率表》，建设工程合同（包括工程勘察、设计、施工合同）属于印花税的应税凭证，适用税率为价款的万分之三。也就是说，建筑工程承包合同印花税的计算依据是合同中所记载的金额。这里的合同金额是指建筑工程承包合同中明确约定的工程价款总额，包括承包方为完成工程项目所收取的全部费用，如直接费、间接费、利润和税金等。

计算方式：具体的计算公式为：应纳税额 = 合同金额 × 0.03%。例如，某建筑工程承包合同的金额为 1000 万元，那么该合同应缴纳的印花税税额 = 10000000 × 0.03% = 3000 元。

缴纳时间和地点：印花税一般是在合同签订时缴纳。纳税地点通常为纳税人机构所在地的主管税务机关。纳税人需要按照规定，及时、足额地缴纳印花税。如果未按照规定缴纳印花税，可能会面临税务机关的处罚，包括补缴税款、加收滞纳金等。

特殊情况：如果合同金额发生变更，应按照变更后的合同金额重新计算印花税，并补缴或退还相应的税款。另外，如果一份合同中包含多个不同税率的应税项目，应分别核算不同项目的金额，按照各自适用的税率计算印花税；未分别核算的，从高适用税率。

法律依据：

《印花税法》 第一条

在中华人民共和国境内书立应税凭证、进行证券交易的单位和个人，为印花税的纳税人，应当依照本法规定缴纳印花税。在中华人民共和国境外书立在境内使用的应税凭证的单位和个人，应当依照本法规定缴纳印花税。

第二条

本法所称应税凭证，是指本法所附《印花税税目税率表》列明的合同、产权转移书据和营业账簿。

第五条

印花税的计税依据如下：

（一）应税合同的计税依据，为合同所列的金额，不包括列明的增值税税款；

（二）应税产权转移书据的计税依据，为产权转移书据所列的金额，不包括列明的增值税税款；

（三）应税营业账簿的计税依据，为账簿记载的实收资本（股本）、资本公积合计金额；

（四）证券交易的计税依据，为成交金额。