申报债权纠纷案件流程一般包括准备材料、向法院或管理人申报债权、审查与异议处理、参与债权确认诉讼等步骤。

债权人需要准备相关材料。这些材料通常有债权证明文件，比如合同、借条、转账记录等，用以证明债权的存在和具体金额；身份证明材料，如身份证、营业执照等，来证实债权人的身份；以及其他可能与债权相关的材料，像担保文件、催收记录等。准备齐全材料是顺利申报债权的基础。

接着是向法院或管理人申报债权。在法院受理破产申请并指定管理人后，管理人会通知债权人申报债权，同时会在相关媒体或网站发布公告。债权人应在规定的申报期限内，向管理人申报债权。申报时要详细说明债权的数额、性质（如普通债权、有财产担保债权等）、形成原因等信息。若债权人未在规定期限内申报债权，在破产财产最后分配前仍可补充申报，但此前已进行的分配，不再对其补充分配，且为审查和确认补充申报债权所产生的费用，由补充申报人承担。

之后进入审查与异议处理阶段。管理人会对申报的债权进行审查，包括对债权的真实性、合法性、数额等方面进行核实。管理人审查后会编制债权表，并提交债权人会议核查。如果债权人对债权表记载的债权有异议，可以向管理人提出书面异议。管理人会对异议进行复核，若复核后仍有争议，债权人可以向受理破产申请的人民法院提起债权确认之诉。

最后是参与债权确认诉讼。若债权人与债务人、其他债权人就债权的存在、数额、性质等方面存在争议，且无法通过协商解决，就会进入债权确认诉讼程序。在诉讼中，双方需要提供证据来支持自己的主张，法院会根据双方提供的证据和相关法律规定进行审理和判决。债权确认诉讼的结果将直接影响债权人在破产程序中的受偿权利。整个申报债权纠纷案件流程较为复杂，涉及众多法律规定和程序要求，债权人需要谨慎对待，以维护自身合法权益。

法律依据：

《中华人民共和国企业破产法》 第五十七条

管理人收到债权申报材料后，应当登记造册，对申报的债权进行审查，并编制债权表。

债权表和债权申报材料由管理人保存，供利害关系人查阅。

《中华人民共和国企业破产法》 第五十八条

依照本法第五十七条规定编制的债权表，应当提交第一次债权人会议核查。

债务人、债权人对债权表记载的债权无异议的，由人民法院裁定确认。

债务人、债权人对债权表记载的债权有异议的，可以向受理破产申请的人民法院提起诉讼。