刑事案件中犯罪嫌疑人不认罪，司法机关会依据证据情况依法处理。若有确实、充分的证据证明其有罪，仍可定罪量刑；若证据不足，则应作出无罪处理。

在刑事案件里，犯罪嫌疑人不认罪是较为常见的情况。司法机关处理此类案件时，关键在于证据的收集与审查。

公安机关在侦查阶段，会全面、细致地收集各类证据。这包括物证，像作案工具、现场遗留的物品等；书证，如合同、书信等；证人证言，即了解案件情况的人所提供的陈述；被害人陈述，也就是受到犯罪行为侵害的人的描述；犯罪嫌疑人、被告人供述和辩解；鉴定意见，例如法医鉴定、笔迹鉴定等；勘验、检查、辨认、侦查实验等笔录；视听资料、电子数据，如监控录像、聊天记录等。通过多方面、多角度地收集证据，形成完整的证据链条，以证明犯罪事实的存在。

检察机关在审查起诉阶段，会对公安机关移送的证据进行严格审查。判断证据是否确实、充分，是否能够排除合理怀疑。如果证据符合定罪标准，即使犯罪嫌疑人不认罪，检察机关也会向法院提起公诉。在法庭上，公诉人会通过出示证据、询问证人等方式，向法庭展示案件的全貌，证明犯罪嫌疑人的罪行。

最后，法院在审判阶段，会根据控辩双方提供的证据和辩论情况进行综合判断。如果证据足以证明犯罪嫌疑人有罪，法院会依法作出有罪判决。《中华人民共和国刑事诉讼法》明确规定，没有被告人供述，证据确实、充分的，可以认定被告人有罪和处以刑罚。证据确实、充分应当符合以下条件：定罪量刑的事实都有证据证明；据以定案的证据均经法定程序查证属实；综合全案证据，对所认定事实已排除合理怀疑。反之，如果证据不足，不能认定被告人有罪的，法院应当作出证据不足、指控的犯罪不能成立的无罪判决。

总之，刑事案件中犯罪嫌疑人不认罪并不影响司法机关依据证据对案件进行处理，司法机关会严格遵循法定程序，确保司法公正。

法律依据：

《中华人民共和国刑事诉讼法》 第五十五条

对一切案件的判处都要重证据，重调查研究，不轻信口供。只有被告人供述，没有其他证据的，不能认定被告人有罪和处以刑罚；没有被告人供述，证据确实、充分的，可以认定被告人有罪和处以刑罚。

证据确实、充分，应当符合以下条件：

（一）定罪量刑的事实都有证据证明；

（二）据以定案的证据均经法定程序查证属实；

（三）综合全案证据，对所认定事实已排除合理怀疑。