有两个孩子离婚后抚养权的判决需综合多方面因素，一般情况下会倾向于夫妻双方各抚养一个孩子，但也并非绝对，若一方存在不适合抚养孩子等法定情形，也可能将两个孩子都判给另一方。

在司法实践中，对于有两个孩子的离婚案件抚养权判决，会依据《中华人民共和国民法典》婚姻家庭编及相关司法解释来处理。

会考虑孩子的年龄。根据法律规定，不满两周岁的子女，以由母亲直接抚养为原则。这是因为这个阶段的孩子对母亲的依赖度更高，母亲的照顾通常更有利于孩子的成长。如果两个孩子都不满两周岁，大概率会都判给母亲抚养，但如果母亲存在严重疾病、虐待孩子等不利于孩子成长的情形，也可能判给父亲。

对于已满两周岁的子女，父母双方对抚养问题协议不成的，由人民法院根据双方的具体情况，按照最有利于未成年子女的原则判决。法院会综合考虑双方的经济条件、生活环境、教育背景、道德品质等因素。例如，一方有稳定的收入和良好的居住环境，能够为孩子提供更好的生活和教育条件，在争取抚养权时会更有优势。如果一方有赌博、吸毒等不良嗜好，可能会被认为不利于孩子的身心健康，从而失去抚养权。

而对于已满八周岁的子女，应当尊重其真实意愿。法院在判决时会单独询问孩子愿意跟随哪一方生活，孩子的意愿会成为重要的参考因素。

此外，如果一方存在不适合抚养孩子的法定情形，如患有久治不愈的传染性疾病或其他严重疾病，子女不宜与其共同生活；有抚养条件不尽抚养义务，而父方要求子女随其生活等，法院可能会将两个孩子都判给另一方。同时，如果双方协商一致，也可以按照双方的意愿来确定孩子的抚养权归属。总之，法院的判决核心是保障孩子的健康成长和合法权益。

法律依据：

《中华人民共和国民法典》 第一千零八十四条

父母与子女间的关系，不因父母离婚而消除。离婚后，子女无论由父或者母直接抚养，仍是父母双方的子女。

离婚后，父母对于子女仍有抚养、教育、保护的权利和义务。

离婚后，不满两周岁的子女，以由母亲直接抚养为原则。已满两周岁的子女，父母双方对抚养问题协议不成的，由人民法院根据双方的具体情况，按照最有利于未成年子女的原则判决。子女已满八周岁的，应当尊重其真实意愿。